«Ιδιαίτερα σημαντική και αναπάντεχη» χαρακτηρίζεται η ελεύθερη ταφή ενήλικα στην εξωτερική γωνία των θεμελίων του ναού. Ο νεκρός είχε τοποθετηθεί σε συνεσταλμένη στάση, χωρίς κτερίσματα. Προβληματισμό προκαλεί η θέση της ταφής, δίπλα στο κατεξοχήν λατρευτικό δωμάτιο του ναού. Αν ο σκελετός χρονολογηθεί στην αρχαϊκή περίοδο, ίσως πρόκειται για εργάτη που δούλευε στο ιερό, σκοτώθηκε εκεί και θάφτηκε δίπλα στα θεμέλιά του. Αν είναι μεταγενέστερος, ίσως ανήκει σε εκείνους που στην ύστερη αρχαιότητα ή στους βυζαντινούς χρόνους κατέστρεψαν το ναό, για να πάρουν οικοδομικά υλικά.

Μέχρι τώρα έχουν αποκαλυφθεί δώδεκα κτίρια στο Δεσποτικό και άλλα πέντε στο νησάκι Τσιμιντήρι, που ενωνόταν με το Δεσποτικό, με ισθμό, όπως μαρτυρά η ύπαρξη βωμού αφιερωμένου στην Εστία Ισθμία. Η φετινή έρευνα επικεντρώθηκε στο ναό και το τελετουργικό εστιατόριο που προστατεύονταν με τειχισμένο περίβολο. Πρωταρχικός σκοπός ήταν η διερεύνηση των διαφορετικών κτιριακών φάσεων στο ιερό.

Στο δάπεδο του προστώου του εστιατορίου αποκαλύφθηκε μαρμάρινος τελετουργικός βόθρος, σύγχρονος με την πρώτη φάση του λατρευτικού Κτηρίου Α (γύρω στο 550 π.Χ.), παρόμοιος με εκείνον που βρέθηκε στο αρχαϊκό ιερό των Υρίων Νάξου. Η ανασκαφή μπροστά από το στυλοβάτη του ναού και στη θεμελίωσή του σώζεται σε ύψος σχεδόν 1 μ. και αποκάλυψε σημαντικά αρχιτεκτονικά κατάλοιπα πρωιμότερης φάσης, που επιβεβαίωσαν τη λειτουργία του ιερού από τα γεωμετρικά χρόνια. Συγκεκριμένα, αποκαλύφθηκαν τμήμα κτιρίου επιμελημένης τοιχοποιίας μεγάλων διαστάσεων, ακέραια αγγεία της ύστερης γεωμετρικής και πρώιμης αρχαϊκής εποχής, πλήθος γραπτών οστράκων και τραπεζιόσχημη κατασκευή, πιθανώς τελετουργική εσχάρα.

Η ανασκαφή στο Νότιο Συγκρότημα, που αποτελείται από έντεκα δωμάτια, έδωσε νέα στοιχεία για τις διαφορετικές κατασκευαστικές φάσεις του και για προϋπάρχοντα κτίσματα. Διαπιστώθηκε ότι κάτω από το «τραπεζιόσχημο κτίριο» υπήρχε παλαιότερο κτίσμα, που επιβεβαιώνει την ύπαρξη πρωιμότερης λατρείας στο χώρο. Ανασκάφησαν δύο δωμάτια αυτού του κτιρίου, νότια του λουτρού. Στο εσωτερικό του ενός βρέθηκε μεγάλη ποσότητα χρηστικής, αλλά και λεπτής κεραμεικής (7ου - 6ου αι. π.Χ.). Στο άλλο αποκαλύφθηκε τετράπλευρη εσχάρα για τέλεση τελετουργιών. Τα δύο δωμάτια είχαν καλυφθεί με λίθους λόγω κατάρρευσης των τοίχων. Μετά την καταστροφή τους, το πεσμένο δομικό υλικό χρησιμοποιήθηκε ως «υπόστρωμα» για τη διαμόρφωση της περιοχής νότια και ανατολικά του «τραπεζιόσχημου κτιρίου» και του λουτρού του ιερού - μοναδική περίπτωση αρχαϊκού λουτρού σε ιερό.

Η ανασκαφή εκτός του τεμένους αποκάλυψε άλλη μία ταφή, με τρεις σκελετούς, ύστερης ρωμαϊκής περιόδου. Αποδεικνύεται πως την περίοδο της ταφής το Κτίριο Β' ήταν σε αχρηστία.

Η ανασκαφή έδωσε πληθώρα οστράκων χρηστικών και αποθηκευτικών αγγείων, λεπτή πρώιμη αρχαϊκή κεραμεική και θραύσματα μελαμβαφών σκύφων, με εγχάρακτες επιγραφές για τον Απόλλωνα. Συνεχίστηκε, επίσης η μελέτη των είκοσι μαρμάρινων βάσεων αρχαϊκών αγαλμάτων που έχουν αποκαλυφθεί στο χώρο. Επιπλέον, ταυτίστηκαν άλλες δύο μεγάλες μαρμάρινες βάσεις. Τέλος, σημαντικό εύρημα αποτελεί τμήμα μαρμάρινου αρχαϊκού Κούρου φυσικού μεγέθους, με ιδιαίτερα μυώδη διάπλαση, το οποίο προστίθεται στα δεκάδες θραύσματα μαρμάρινων αρχαϊκών Κούρων που έχουν αποκαλυφθεί τα τελευταία χρόνια και αποδεικνύουν τον πλούτο αυτού του μεγάλου κυκλαδίτικου ιερού που ιδρύθηκε από την Πάρο, στα αρχαϊκά χρόνια, με σκοπό την εδραίωση της κυριαρχίας της στο Αιγαίο.

Σε σημαντικό θαλάσσιο δρόμο υπερτοπικής σημασίας κατά την αρχαιότητα, αναδεικνύεται η θαλάσσια περιοχή Μακρονήσου - Λαυρεωτικής, όπως αποδείχνει η ενάλια αρχαιολογική έρευνα που ξεκίνησε τον Ιούνιο και ολοκληρώθηκε πρόσφατα από την Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων, σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών, υπό τη διεύθυνση του Γιώργου Κουτσουφλάκη, καταδυόμενου αρχαιολόγου της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων.

Συγκεκριμένα, εντοπίστηκαν και τεκμηριώθηκαν έξι αρχαία ναυάγια, τα περισσότερα σωζόμενα σε καλή κατάσταση. Τέσσερα από αυτά βρίσκονται στη θαλάσσια περιοχή της Μακρονήσου, σε βάθη που κυμαίνονται από 37 έως και 47 μέτρα. Εξαιρετικά σημαντικό, λόγω της σπανιότητας του φορτίου του, είναι ένα ναυάγιο υστερορωμαϊκής περιόδου, που χρονολογείται στα μέσα του 4ου αιώνα μ.Χ., με φορτίο αμφορέων προερχόμενων από τη βόρεια Αφρική και τη Σικελία. Εξίσου σημαντικό για το μέγεθος και την αρτιότητα του φορτίου του είναι ένα δεύτερο ναυάγιο με ροδιακούς αμφορείς, που εντοπίστηκε στην ανατολική πλευρά της Μακρονήσου, και χρονολογείται στα τέλη 3ουή τις αρχές του 2ουαιώνα π.Χ. Σε όμορη περιοχή, εντοπίστηκε το τρίτο ναυάγιο, σε εξαιρετικά καλή κατάσταση, με μεικτό φορτίο από αμφορείς της Ιταλίας και της Ρόδου, χρονολογούμενο στα τέλη του 2ου αιώνα π.Χ. Το τέταρτο ναυάγιο της Μακρονήσου ανήκει σε μικρό πλοίο του 1ου αιώνα μ.Χ., που επίσης μετέφερε αμφορείς.

Στις ακτές βόρεια του Θορικού (Λαυρεωτική), εντοπίστηκαν δύο ακόμα ναυάγια, το πρώτο χρονολογούμενο στον 1ο - 2ο αιώνα μ.Χ., με φορτίο οικοδομικό υλικό (κεραμίδια και πλίνθους) και το δεύτερο, με αμφορείς της ελληνιστικής περιόδου.

Επιπλέον, ολοκληρώθηκε και η αποτύπωση όλων των επιφανειακών ευρημάτων των ναυαγίων της Μακρονήσου, με χρήση φωτογραμμετρικής μεθόδου. Εκπονήθηκαν ορθοφωτομωσαϊκά υψηλής ευκρίνειας και ανελκύστηκαν δειγματοληπτικά αμφορείς και χρηστική κεραμική. Ο εντοπισμός και καταγραφή των έξι ναυαγίων της Μακρονήσου - Λαυρεωτικής έρχεται να προστεθεί στα 18 εντοπισμένα ναυάγια του Νότιου Ευβοϊκού, 24 στο σύνολο!

Κατά τους αρχαιολόγους, το πλήθος των ναυαγίων «υποδηλώνει ένα σημαντικό θαλάσσιο δρόμο υπερτοπικής σημασίας, με τον οποίο ενώνονταν το βόρειο με το νότιο Αιγαίο. Η μελέτη των ναυαγίων και της διασποράς τους αναμένεται να ρίξει νέο φως στην ανασύνθεση των θαλασσίων δρόμων και την εμπορική διακίνηση προϊόντων κατά την αρχαιότητα».

Στην έρευνα για τον εντοπισμό των ναυαγίων, κατά τις ερευνητικές περιόδους 2011-12, συμμετείχαν συνολικά 16 καταδυόμενοι ερευνητές πολλών διαφορετικών ειδικοτήτων. Την ευθύνη της οργάνωσης και αρχαιολογικής τεκμηρίωσης ανέλαβαν επιστημονικά στελέχη του ΙΕΝΑΕ, σε συνεργασία με στελέχη της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων.