Απορρίφθηκε από την Επιτροπή Αναστολών του Συμβουλίου της Επικρατείας η αίτηση της Αρχαιολογικής Εταιρείας και τριών περιβαλλοντικών φορέων (Ελληνική Εταιρεία Προστασίας του Περιβάλλοντος και της Πολιτιστικής Κληρονομιάς, Ελληνική Εταιρεία Προστασίας της Φύσης, Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία), με την οποία ζητούσαν να ανασταλεί η κοινή απόφαση των υπουργών Εθνικής Αμυνας, ΠΕΧΩΔΕ, Πολιτισμού, Μεταφορών και Γεωργίας όσον αφορά την «έγκριση περιβαλλοντικών όρων για το Ολυμπιακό Κέντρο Κωπηλασίας» στο Σχοινιά του Δήμου Μαραθώνα. Η κύρια προσφυγή κατά της κυβερνητικής απόφασης για τη δημιουργία του κωπηλατοδρομίου στον ιστορικό χώρο του Μαραθώνα έχει οριστεί να συζητηθεί στην Ολομέλεια του Ανώτατου Ακυρωτικού Δικαστηρίου στις 2-11-2001.

Οι προσφεύγοντες υποστήριζαν στην αίτηση αναστολής ότι κατά τη διάρκεια εκτέλεσης των εργασιών κατασκευής της περίφραξης του χώρου, όπου θα κατασκευαστεί το κωπηλατοδρόμιο, αποκαλύφθηκαν σημαντικότατα αρχαιολογικά ευρήματα. Επίσης, ότι έγκυροι αρχαιολόγοι μιλούν για τμήμα της αρχαίας Τετράπολης στην περιοχή του έργου, ότι εκεί πρέπει ίσως να αναζητηθούν τα λείψανα του Ιερού της Αθηνάς Ελλοτίδας, καθώς και νεολιθικές εγκαταστάσεις που υπάρχουν θαμμένες κάτω από το προσχωσιγενές έδαφος. Ακόμα, ότι από τη συνέχιση των εργασιών κινδυνεύει να υποστεί ανεπανόρθωτη βλάβη το εν γένει φυσικό και ιστορικό περιβάλλον της περιοχής και ιδιαίτερα η ορνιθοπανίδα. Προς απόδειξη δε όλων αυτών προσκόμισαν, μεταξύ άλλων, έγγραφα της Β' Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, με τα οποία αυτή είχε εκφράσει παλαιότερα την αντίθεσή της στην επιλογή της θέσης του κωπηλατοδρομίου.

Παρ' όλα αυτά, το δικαστήριο έκρινε ότι οι προβαλλόμενοι λόγοι αναστολής της κοινής υπουργικής απόφασης «κατά το μέρος που αναφέρονται στην τυχόν επερχόμενη βλάβη στο φυσικό περιβάλλον της περιοχής (χλωρίδα, πανίδα και ιδίως ορνιθοπανίδα), καθώς και στο υπέργειο ιστορικό και φυσικό περιβάλλον, πρέπει να απορριφθούν ως απαράδεκτοι, γιατί η τυχόν βλάβη που μπορεί να επέλθει στο περιβάλλον αυτό δεν είναι αποτέλεσμα της προσβαλλόμενης πράξης, με την οποία εγκρίνονται απλώς οι περιβαλλοντικοί όροι της εκτέλεσης του επίμαχου έργου, αλλά της χωροθέτησης του χώρου υποδοχής του έργου αυτού, που έγινε με το νόμο 2730/1999».

Σχετικά με τα αρχαιολογικά ευρήματα της περιοχής, το ΣτΕ δέχτηκε ότι «η αρχαιολογική έρευνα απέδωσε σε βάθος 0,35 - 0,45 εκ. τμήμα του γνωστού ήδη από τον περασμένο αιώνα αρχαίου δρόμου και τους κατά μήκος αυτού οικογενειακούς περιβόλους του 4ου αιώνα π.Χ.». Επίσης, ότι «η εικόνα του αποκαλυφθέντος νεκροταφείου είναι η χαρακτηριστική ενός νεκροταφείου αγροτικού οικισμού» και ότι «η ανασκαφική έρευνα έχει σχεδόν ολοκληρωθεί και τα αρχαία μετά την αξιολόγησή τους θα διατηρηθούν ορατά ή σε κατάχωση ανάλογα με την κατάσταση διατήρησής τους». Στην απόφαση προστίθεται πως «από έγγραφο του υπουργείου Πολιτισμού διευκρινίστηκε ότι στο χώρο που διαπιστώθηκαν τα πιο πάνω αρχαιολογικά ευρήματα δεν εκτελούνται πλέον εργασίες για την κατασκευή των εγκαταστάσεων του κωπηλατοδρομίου». Περαιτέρω δε, κατά την άποψη του δικαστηρίου, «δεν προκύπτει ότι ανευρέθησαν αρχαιότητες στο χώρο όπου γίνονται εκσκαφές για την κατασκευή του κωπηλατοδρομίου, οι οποίες κατά δήλωση του υπουργού Πολιτισμού και της "Α.Ε. Αθήνα 2004" έχουν προχωρήσει σε σημαντικό βαθμό. Εξάλλου, η επίδικη περιοχή υποδοχής του κωπηλατοδρομίου δεν έχει κηρυχτεί μέχρι σήμερα ως αρχαιολογικός χώρος»...

Καταλήγοντας, το ΣτΕ αναφέρει ότι «ενόψει όλων των ανωτέρω και του γεγονότος ότι η απλή πιθανολόγηση ανεύρεσης αρχαιοτήτων στην επίμαχη περιοχή κατά την εξέλιξη των εκσκαφών δεν αποτελεί λόγο αναστολής της προσβαλλόμενης απόφασης και εφόσον δεν προκύπτει βλάβη των αρχαιοτήτων και το δημόσιο συμφέρον επιβάλλει τη συνέχιση των εργασιών, λόγω της σημασίας κατασκευής του επίμαχου έργου για τη διεξαγωγή των Ολυμπιακών Αγώνων του 2004 στην Αθήνα, η Επιτροπή Αναστολών, συνεκτιμώντας όλα τα στοιχεία του φακέλου, κρίνει ότι δε συντρέχει λόγος χορήγησης αναστολής και, κατά συνέπεια, η αίτηση πρέπει να απορριφθεί στο σύνολό της».

Στη σύνθεση της Επιτροπής Αναστολών μετείχαν ο αντιπρόεδρος του ΣτΕ Ν. Παπαδημητρίου και οι σύμβουλοι Ειρήνη Σάρπη και Ν. Σκλίας, εισηγητής του θέματος.