Αλυτα παραμένουν, σοβαρά εργασιακά προβλήματα των εργαζομένων του ΙΓΜΕ, όπως η απουσία έναρξης διαπραγματεύσεων της σύμβασης και ο κίνδυνος να μην πάρουν το εφάπαξ όταν φύγουν από τη δουλιά τους. Οι εργαζόμενοι καταγγέλλουν τη διοίκηση του ΙΓΜΕ, τον εποπτεύοντα υπουργό Ανάπτυξης Α. Τζοχατζόπουλο και τον υπουργό Οικονομίας και Οικονομικών Ν. Χριστοδουλάκη για την αδιαφορία που δείχνουν στα σοβαρά εργασιακά τους προβλήματα. Δεν έχει αρχίσει ακόμα η έναρξη διαπραγμάτευσης για τη Συλλογική Σύμβαση Εργασίας παρά την καταγγελία της από τις αρχές του χρόνου. Η διοίκηση του ΙΓΜΕ αδυνατεί να καταθέσει συγκεκριμένη αντιπρόταση για το 2002, ενώ ισχυρίζεται ότι περιμένει απαντήσεις από το υπουργείο Ανάπτυξης. Οι εργαζόμενοι ζητούν επίδομα εξομάλυνσης (60.000 δρχ.). Είχαν μάλιστα απαιτήσει να ενταχθούν στο νομοσχέδιο των δημοσίων υπαλλήλων γι' αυτό το θέμα. Το αίτημά τους απορρίφτηκε στη Βουλή από τον αρμόδιο υπουργό Ν. Χριστοδουλάκη, με το σκεπτικό ότι αφού υπογράφουν Συλλογική Σύμβαση δεν μπορεί να υπάρξει νομοθετική ρύθμιση. Επίσης, σοβαρό πρόβλημα αντιμετωπίζουν με την ενίσχυση του ασφαλιστικού τους Ταμείου για να μπορέσουν να πάρουν το εφάπαξ, παρά τις διαβεβαιώσεις για οικονομική ενίσχυση από τους αρμόδιους. Μετά την αλλαγή του καθεστώς του ΙΓΜΕ, υπήρξαν επιπτώσεις στο Ταμείο, γιατί, πολλοί εργαζόμενοι μετατάχτηκαν ή έφυγαν. Εγινε λοιπόν μεταξύ διοίκησης, εργαζομένων και Εθνικής Ασφαλιστικής, ειδική συμφωνία για να μπορέσει να πάρει το εφάπαξ και ο τελευταίος εργαζόμενος. Χρειάζονται περίπου 1,2 δισ. δρχ. Σε περίπτωση που δε δοθούν τα χρήματα, δημιουργείται μεγάλο πρόβλημα, συν το γεγονός ότι αναμένεται να φύγουν σε σύντομο χρονικό διάστημα άλλοι 200 με 250 εργαζόμενοι. Σήμερα έχουν μείνει στο ΙΓΜΕ 830 εργαζόμενοι.

Τέλος, μεγάλη έλλειψη εξειδικευμένου προσωπικού αντιμετωπίζει το ΙΓΜΕ. Ο Ν. 2702/98 είχε σοβαρές επιπτώσεις στη λειτουργία, αφού από 1.050 εργαζόμενους έχουν μείνει λίγο παραπάνω από τους μισούς. Παρά την έγκριση κοινοτικών προγραμμάτων και την αναμονή νέων, οι εργαζόμενοι επισημαίνουν ότι η απουσία προσωπικού οδηγεί και στη συρρίκνωση του επιστημονικού τους έργου, έτσι χάνονται χρήματα από το ΙΓΜΕ κι από τη δυνατότητά του να προσφέρει.