Στα πλαίσια αυτών των στόχων προσαρμόστηκαν οι αντίστοιχες υπηρεσίες του υπουργείου Γεωργίας και των Νομαρχιακών Αυτοδιοικήσεων, με σκοπό να διαχειριστούν αποτελεσματικότερα και για λογαριασμό του μεγάλου κεφαλαίου τα κοινοτικά αλιευτικά προγράμματα.
Τα αποτελέσματα του πρώτου Επιχειρησιακού Προγράμματος Αλιείας (ΕΠΑΛ), είναι ιδιαίτερα αρνητικά για τη θαλάσσια αλιεία και τους ψαράδες και ταυτόχρονα πολύ ευνοϊκά για το μεγάλο ιδιωτικό κεφάλαιο και τις μεγάλες επιχειρηματικές υδατοκαλλιέργειες, κύρια τις ιχθυοκαλλιέργειες.
Τα αποτελέσματα αυτά επιβεβαιώνονται από ορισμένα βασικά στοιχεία της αλιείας που αφορούν στην περίοδο 1994-1999, οπότε εφαρμόστηκε αυτό το πρόγραμμα. Σύμφωνα με τα στοιχεία αυτά, η θαλάσσια αλιευτική παραγωγή που αφορά κυρίως τους μικρομεσαίους ψαράδες μειώθηκε από 206.958 τόνους το 1993 στους 159.000 τόνους το 1999. Ενώ την ίδια περίοδο η αλιευτική παραγωγή των ιχθυοκαλλιεργειών αυξήθηκε από 11.500 τόνους σε 37.300 τόνους και η παραγωγή οστράκων από 16.374 τόνους σε 28.000 τόνους. Συνέπεια αυτών των αλλαγών, αλλά και της αύξησης των αναγκών της εγχώριας αγοράς σε αλιεύματα, ήταν η αύξηση του ελλείμματος του εμπορικού ισοζυγίου αλιευμάτων από 57.000 τόνους το 1993, σε 96.000 τόνους το 1999.
Ωστόσο, παρά τα αρνητικά αποτελέσματα του πρώτου ΕΠΑΛ, η ίδια πολιτική συνεχίζεται και με το δεύτερο ΕΠΑΛ, όπου με πρόσχημα την προστασία του εναλίου πλούτου επιταχύνεται η διάλυση των αλιευτικών σκαφών και η μετατροπή της παράκτιας ζώνης σε τσιφλίκια των μεγάλων υδατοκαλλιεργητικών επιχειρήσεων, οι οποίες έχουν εξαγοράσει πολλές μικρές επιχειρήσεις. Από το συνολικό κονδύλι των 207,17 δισ. δραχμών του δεύτερου ΕΠΑΛ, τη μερίδα του λέοντος 38,5% θα πάρουν οι υδατοκαλλιεργητές, μεταποιητές και έμποροι, 20% θα δοθεί για διαλύσεις σκαφών και μόνο 11,5% θα έχει στόχο τον εκσυγχρονισμό των αλιευτικών σκαφών.
Ο περιορισμένος διαχειριστικός ρόλος των υπηρεσιών αλιείας των ΝΑ τις υποβαθμίζει και τις εξαρτά άμεσα από την Κεντρική Διοίκηση. Δίνει τη δυνατότητα στην κυβέρνηση να μεταβιβάζει μέρος των ευθυνών της στις ΝΑ και να τις κάνει συνένοχες της κυβερνητικής πολιτικής, αποπροσανατολίζοντας με τον τρόπο αυτό τους ψαράδες. Ο αποπροσανατολισμός των ψαράδων και η υποταγή των ΝΑ στην κυβέρνηση, είναι μεγαλύτερος όταν το Νομαρχιακό Συμβούλιο και ο νομάρχης ευθυγραμμίζεται με την κυβερνητική πολιτική, την εξωραΐζει και δεν αποκαλύπτει τον ταξικό της προσανατολισμό.
Τα νομαρχιακά ψηφοδέλτια, που στηρίζει το ΚΚΕ μαζί με άλλες δυνάμεις, θεωρούν θεμελιακό στοιχείο του προγράμματός τους, τη δέσμευση να αντισταθούν στην αντιαλιευτική πολιτική της κυβέρνησης και της ΕΕ. Αυτή η δέσμευση τα ξεχωρίζει από τα άλλα ψηφοδέλτια, που με τον ένα ή άλλο τρόπο υπόσχονται εξωραϊσμό και διαχείριση της αντιαλιευτικής πολιτικής.
Το αμείλικτο ερώτημα στο οποίο καλείται να απαντήσει στις Δημοτικές και Νομαρχιακές εκλογές ο μικρομεσαίος ψαράς είναι: Θα δώσει την ψήφο του στις δυνάμεις που θέλουν το ξεκλήρισμά του και τη μετατροπή των νησιών σε τόπους θερινών διακοπών όπου πάλι άλλοι μεγαλοεπιχειρηματίες θα κερδίζουν ή θα αντισταθεί και θα ενισχύσει τις δυνάμεις που θέλουν την ανάπτυξη της αλιείας με κριτήρια τη συμβολή της στην υγιεινή διατροφή του ελληνικού λαού, την πραγματική προστασία του αλιευτικού πλούτου, την εξασφάλιση βιώσιμου εισοδήματος στους ψαράδες, την ολόπλευρη ανάπτυξη και την κοινωνική και οικονομική αναζωογόνηση των νησιών.