Σοβαρά είναι τα περιβαλλοντικά προβλήματα που αντιμετωπίζει η πόλη των Ιωαννίνων, στο οικοσύστημα της Λίμνης, εξαιτίας των ρύπων από το σοβαρό κυκλοφοριακό πρόβλημα στο κέντρο της πόλης και τη μόλυνση του περιβάλλοντος της περιοχής της Δουρούτης εξαιτίας της χωματερής.

Σύμφωνα με τις τελευταίες επιστημονικές μετρήσεις, η Λίμνη είναι γεμάτη με τοξίνες, επικίνδυνες για τον οργανισμό των ανθρώπων και των ζώων, ενώ κάθε παρατεταμένη ανομβρία απειλεί με εξαφάνιση τη λίμνη. Η προστασία της λίμνης και του υδροφόρου ορίζοντα του λεκανοπεδίου είναι ανάγκη να αντιμετωπιστούν ως ενιαίο οικοσύστημα.

Φλέγον ζήτημα για την περιοχή αποτελεί και το ζήτημα των απορριμμάτων. Επί χρόνια ολόκληρα συντάσσονται μελέτες για τους ΧΥΤΑ Ιωαννίνων, ενώ πρόσφατα μελέτη ψηφίστηκε από το Περιφερειακό Συμβούλιο Ηπείρου για τους ΧΥΤΑ της Ηπείρου. Κι ενώ τεράστια ποσά έχουν δαπανηθεί δε δίνεται κάποια ουσιαστική λύση στο οξύ αυτό πρόβλημα. Ειδικά το θέμα της χωματερής της Δουρούτης γίνεται σοβαρότερο, καθώς η εν λόγω χωματερή βρίσκεται κοντά στην Πανεπιστημιούπολη και το Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο.