Συγκεκριμένα, η Ολομέλεια του ΣτΕ (με πρόεδρο τον Χρ. Γεραρή και εισηγητή τον σύμβουλο επικρατείας Π. Πικραμμένο) έκρινε ότι η υπουργική απόφαση δεν έχει την επιβαλλόμενη από το Σύνταγμα και την αρχαιολογική νομοθεσία προστασία των αρχαιοτήτων και αυτό γιατί δεν υπάρχει πρόβλεψη από τις δυσμενείς επιπτώσεις της εκτέλεσης αυτού του έργου.
Μάλιστα, η απόφαση του ΣτΕ (3280/2003) επισημαίνει ότι οι επεμβάσεις που γίνονται στο χώρο των ευρημάτων είναι «δυνατόν να θέσουν υπό διακινδύνευση τις αρχαιότητες που κρίθηκαν διατηρητέες». Οπως διευκρινίζει το δικαστήριο, η μη ύπαρξη μέτρων προστασίας ανάγεται στο γεγονός ότι προβλέπεται η τοποθέτηση υποστυλωμάτων θεμελίωσης στην απαγορευμένη ζώνη (κόκκινη), όπου υπάρχουν αρχαιολογικά ευρήματα.
Στο μεταξύ, για το Μουσείο της Ακρόπολης εκκρεμεί σωρεία υποθέσεων στα δικαστήρια της χώρας. Για τις 5 Δεκέμβρη έχει προσδιοριστεί η συζήτηση στην Ολομέλεια του ΣτΕ της προσφυγής για την ακύρωση της κύριας μελέτης για την ανέγερση του Μουσείου, ενώ εκκρεμεί και η έκδοση απόφασης επί της αίτησης αναστολής. Η ίδια υπόθεση έχει προσβληθεί, από τους ίδιους προσφεύγοντες και στο Διοικητικό Εφετείο Αθηνών, απ' όπου αναμένεται η έκδοση απόφασης. Επίσης, θα πρέπει να υπενθυμίσουμε ότι πριν μια δεκαετία η Ολομέλεια του ΣτΕ είχε ακυρώσει και πάλι την προσπάθεια κατασκευής του νέου Μουσείου της Ακρόπολης.
Παράλληλα, η Ολομέλεια του ΣτΕ με άλλη χτεσινή απόφασή της (3279/2003) έκρινε κατά πλειοψηφία νόμιμες τις πράξεις της διοίκησης που αφορούν τη συνύπαρξη και τη στέγαση των αρχαιολογικών ευρημάτων στην περιοχή του Μακρυγιάννη στο υπό κατασκευή Μουσείο της Ακρόπολης. Το ΣτΕ έκρινε νόμιμο το Προεδρικό Διάταγμα για την τροποποίηση του Σχεδίου Πόλης στην περιοχή Μακρυγιάννη και την απόφαση σχετικά με τη διατήρηση των ανασκαφέντων.