Τη στιγμή που το μεγαλύτερο μέρος των έργων στη μαρίνα Ζέας έχει ολοκληρωθεί, ενώ οι κάτοικοι της περιοχής έχουν προσφύγει στο Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) εδώ και πάνω από ένα χρόνο, τώρα έρχεται καθυστερημένη και καταϊδρωμένη η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Αθηνών - Πειραιά για να καταθέσει και αυτή στο Ανώτατο Διοικητικό Δικαστήριο προσφυγή κατά των έργων.

Η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Αθηνών - Πειραιά στρέφεται κατά της υπουργικής απόφασης 9/2004, με την οποία εγκρίθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι των έργων της μαρίνας Ζέας και κατά της απόφασης του κεντρικού λιμενάρχη Πειραιά για έγκριση της εκτέλεσης των σχετικών εργασιών.

Με τις παρεμβάσεις στη μαρίνα Ζέας θα γίνουν νέες προβλήτες συστήματος αγκυροβολίας, ξύλινοι πεζόδρομοι, δίκτυα υποδομής, σταθμοί ανεφοδιασμού και δεξαμενές πλοίων, με αποτέλεσμα να υποβαθμίζεται το περιβάλλον στην περιοχή. Επίσης επέρχεται αισθητική βλάβη του τοπίου και ιστορικών μνημείων και προστατευτέων στοιχείων του πολιτιστικού περιβάλλοντος στην περιοχή γύρω από τη μαρίνα Ζέας.