Οι έρευνες της Α΄ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων στα μη ανασκαμμένα τμήματα του οικοπέδου Βάιλερ ολοκληρώθηκαν, αλλά αυτό δεν αλλάζει τη σκανδαλώδη απόφαση να χτιστεί το Νέο Μουσείο Ακρόπολης σε χώρο που βρίθει αρχαιοτήτων και μάλιστα των πρωτοβυζαντινών χρόνων, περίοδος αρχαιολογικά άγνωστη.

Οι ανασκαφές αποκάλυψαν λουτρό του 7ου αι. μΧ με πρωιμότερη φάση στον 5ο αι. μΧ, που θα διατηρηθεί, αφού πιθανά σχετίζεται με το μεγάλο κτίριο των ίδιων χρόνων που θα διατηρηθεί ορατό κάτω από το Μουσείο. Επίσης η Εφορεία πρότεινε να διατηρηθεί το νότιο ανάλημμα του αρχαίου δρόμου «1», που βρέθηκε στη συνέχεια των ανασκαφών του Μετρό, στο νότιο τμήμα του οικοπέδου. Θα κρατηθεί και η μεσοβυζαντινή οικία που έχει μια αίθουσα με μαρμαροψηφίδες και βρέθηκε στο βορειοδυτικό τμήμα, κοντά στην ταβέρνα «Η φυλακή του Σωκράτη». Εκεί θα γίνουν απαλλοτριώσεις και οι αρχαιολόγοι ελπίζουν ότι μπορεί να βρεθεί συνέχεια του σπιτιού. Στη διάρκεια αυτών των ερευνών έγιναν και διερευνητικές τομές στο κτίριο του 7ου αι μΧ, ώστε να προταθούν στους μελετητές οι θέσεις που μπορούν να δεχτούν υποστυλώματα.

Από τα υπόλοιπα ευρήματα, θα διατηρηθεί μια καινούρια αρχαία οδός, μια πρώιμη ρωμαϊκή οικία και η συνέχεια του αρχαίου δρόμου «1», ο οποίος είχε βρεθεί στις ανασκαφές του μετρό.

Το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο αδιαμαρτύρητα, πλην ελαχίστων εξαιρέσεων, όχι μόνο αποδέχτηκε την πλήρη διάσπαση ενός σημαντικού, ιστορικά και αρχαιολογικά, συνόλου ευρημάτων, αλλά μέλη του, ξεχνώντας τις προ ετών αντιρρήσεις τους για το οικόπεδο, υπερασπίστηκαν τη βλαβερή επιλογή του χώρου λέγοντας πως το κτίριο του Μουσείου πάνω από τα αρχαία θα τα σώσει. Στο κέντρο της Αθήνας και απέναντι ακριβώς από την Ακρόπολη θυσιάστηκε ένας αρχαιολογικός χώρος, πρώτα από το μετρό και έπειτα από το Μουσείο. Το Μουσείο που «πρέπει» να γίνει, έστω κι έτσι, για να μπει στη «βιτρίνα» του 2004.

Ηδη η Διεύθυνση Μελετών Μουσείων ετοίμασε την προκήρυξη του διαγωνισμού, όπου θα γίνει προεπιλογή μεταξύ 20 περίπου γραφείων και θα ακολουθήσει η τελική επιλογή εκείνου που θα αναλάβει την κατασκευή του Μουσείου.