Αμέσως μετά την πτώση του μοιραίου αεροπλάνου, πολλά ήταν τα σενάρια για τους πιθανούς λόγους της συντριβής του. Σενάρια που έρχονται να ενισχυθούν από μια ελεγχόμενη και με δόσεις πληροφόρηση από την κυβέρνηση, η οποία προσθέτει πληροφορίες επί πληροφοριών, που αντί να δίνουν απαντήσεις, δημιουργούν νέα ερωτήματα που μένουν αναπάντητα.

Ειδικοί δεν αποκλείουν το ενδεχόμενο πιλότοι και επιβάτες να βρέθηκαν σε κατάσταση απώλειας συνείδησης μέσα σε λίγα δευτερόλεπτα, εξαιτίας αθρόας εισροής δηλητηριωδών αερίων από τα υδραυλικά συστήματα στο σύστημα κλιματισμού του αεροσκάφους. Επιπλέον, δεν αποκλείουν το ενδεχόμενο να ακολούθησε αποσυμπίεση στο εσωτερικό του αεροσκάφους. Ωστόσο, προσθέτουν ότι οι πιλότοι έπρεπε να φορέσουν τις μάσκες οξυγόνου και να κατευθύνουν το αεροσκάφος σε χαμηλό ύψος (8.000-10.000 πόδια), ώστε η εσωτερική με την εξωτερική πίεση και τη θερμοκρασία να μην επιφέρουν ανεπανόρθωτες βλάβες στον ανθρώπινο οργανισμό. Για την έλλειψη αντίδρασης των πιλότων, πιθανολογούν ότι είτε δεν πρόλαβαν είτε δεν υπήρχε οξυγόνο στην εφεδρική δεξαμενή του αεροσκάφους είτε ήταν κλειστός ο διακόπτης παροχής του οξυγόνου.

Εξετάζεται επίσης και το ενδεχόμενο απώλειας του συστήματος επικοινωνίας. Οπως αναφέρουν ειδικοί, εάν το σύστημα δε λειτουργούσε και οι πιλότοι ήταν σε θέση να παίρνουν αποφάσεις, το πρώτο που θα έπρεπε να κάνουν είναι να πληκτρολογήσουν τον ειδικό κωδικό 76500 στέλνοντας έτσι μήνυμα στους πύργους ελέγχου Λάρνακας και Αθήνας ότι υπάρχει ολική απώλεια του συστήματος επικοινωνίας.

Ενα ακόμα σενάριο που κυκλοφορούσε ήταν αυτό της πιθανής κατάρριψης του κυπριακού «Μπόινγκ» από μαχητικά αεροσκάφη F-16 που βρέθηκαν δίπλα του είτε με πυραύλους αέρος - αέρος είτε με πυροβόλο. Μάλιστα, μετά την εντολή που δόθηκε από την κυβέρνηση να ακολουθηθεί η διαδικασία «renegade» (στο πλαίσιο του «αντιτρομοκρατικού νόμου» προβλέπει ακόμα και την κατάρριψη αεροσκαφών) τα σενάρια αυτά ενισχύθηκαν.

Η κυβέρνηση, από την πλευρά της και διά στόματος του Θ. Ρουσόπουλου, απέρριψε κατηγορηματικά κάθε τέτοιο ενδεχόμενο, με τον κυβερνητικό εκπρόσωπο να διαψεύδει τα σενάρια, όταν ρωτήθηκε έξω από το Μέγαρο Μαξίμου. Πάντως, σύμφωνα με πληροφορίες, τα τελευταία εννέα λεπτά πριν τη συντριβή είχε δοθεί εντολή στους πιλότους των μαχητικών να καταρρίψουν το αεροσκάφος, ωστόσο κάτι τέτοιο δε χρειάστηκε να γίνει.

Παράλληλα χτες και στο πλαίσιο της ενημέρωσης με «δόσεις», δόθηκε από το υπουργείο Εθνικής Αμυνας απόσπασμα της κατάθεσης του πιλότου του F-16 που ήρθε σε οπτική επαφή με το πιλοτήριο του μοιραίου αεροπλάνου, με τον τελευταίο σύμφωνα με το υπουργείο να καταθέτει ότι από τις 11.40 μέχρι και την πτώση του αεροσκάφους κάποιος, πιθανόν άνδρας, μπήκε στο πιλοτήριο και επί 23 λεπτά προσπαθούσε να ανακτήσει τον έλεγχο του αεροπλάνου.

Επίσης, σύμφωνα με πληροφορίες, την τρίωρη επιχείρηση παρακολούθησε και το στρατηγείο του ΝΑΤΟ στη Νάπολη. Ερωτήματα για την πτώση του μοιραίου «Μπόινγκ», έθεσε ο Κύπρος Κυπριανού, ο οποίος έχασε τον αδελφό του, τη νύφη του και τα τρία ανίψια του. Σύμφωνα με όσα είπε, με δηλώσεις του στον Τύπο, βρέθηκε σχετικά κοντά στο κουφάρι του αεροσκάφους και τράβηξε φωτογραφίες του «Μπόινγκ». Οπως είπε, κάτω από τα «φτερά» του αεροσκάφους είδε τρύπες και κατά την προσωπική του εκτίμηση πιθανολογεί ότι «το μοιραίο αεροσκάφος καταρρίφθηκε από βλήματα των δυο F-16».