Μπέρδεμα προέκυψε στη διεξαγωγή του διοικητικού συμβουλίου της ΕΠΑΕ όσον αφορά το ποιες θα είναι οι ομάδες που θα υποβιβαστούν στη Β' Εθνική, καθώς και το ποιες θα είναι αυτές που θα ανέβουν. Συγκεκριμένα η διοργανώτρια αρχή, αν και επικύρωσε την τελική βαθμολογική κατάταξη, άφησε την ΕΠΟ να αποφασίσει το ποιες θα είναι οι ομάδες που θα απαρτίζουν του χρόνου τη μεγάλη κατηγορία. Αυτό έγινε γιατί στη γενική συνέλευση της ΕΠΑΕ, τον Αύγουστο του 2005, είχε αποφασιστεί να πέσουν δύο ομάδες, αλλά να ανέβουν τέσσερις, ώστε να υπάρξει αύξηση του αριθμού. Στα μέσα της χρονιάς η ΕΠΟ αποφάσισε να πέσουν τρεις ομάδες και να ανέβουν άλλες τόσες, κάτι που τελικά και ίσχυσε. Ετσι Λεβαδειακός, Θρασύβουλος και ΑΣΚ Ολυμπιακός έχουν στείλει έγγραφο προς τη λίγκα και ζητάνε να ισχύσει η πρώτη απόφαση. Πάντως, η Σούπερ Λίγκα που όλα δείχνουν πως αναλαμβάνει τη διεξαγωγή του πρωταθλήματος, είναι υπέρ των 16 ομάδων στην Α' Εθνική, κάτι που σημαίνει πως πολύ δύσκολα θα ισχύσει η περσινή απόφαση.