Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας, ύστερα από αλλεπάλληλες διασκέψεις, ακύρωσε κατά πλειοψηφία την κοινή υπουργική απόφαση, με την οποία είχε εγκριθεί η περιβαλλοντική μελέτη για τα έργα της εκτροπής του Αχελώου, όπως επίσης την απόφαση του υπουργού Πολιτισμού, με την οποία είχαν επιτραπεί επεμβάσεις σε πολιτιστικά μνημεία. Την αίτηση ακύρωσης κατά των αποφάσεων των υπουργών ΠΕΧΩΔΕ, Ανάπτυξης, Εθνικής Οικονομίας, Πολιτισμού και Γεωργίας είχαν καταθέσει πέντε περιβαλλοντικές οργανώσεις, η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Αιτωλοακαρνανίας και δήμοι του νομού.

Το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο έκανε δεκτή τη σχετική πρόταση του εισηγητή της υπόθεσης, συμβούλου Επικρατείας Κ. Μενουδάκου, κατά την άποψη του οποίου δεν εξετάστηκε από την Πολιτεία εναλλακτική λύση για τον τρόπο κατασκευής και λειτουργίας των επίμαχων έργων, που θα έχουν δυσμενείς περιβαλλοντικές συνέπειες όχι μόνο στις περιοχές όπου θα εκτελεστούν, αλλά και σε μεγάλο τμήμα της Κεντρικής Ελλάδας. Συγκεκριμένα, θα έχουν σοβαρές επιπτώσεις στη χλωρίδα και πανίδα της περιοχής, στα οικοσυστήματα και τη μορφολογία του εδάφους, στο δίκτυο των επιφανειακών υδάτων που θα επηρεαστεί δυσμενώς λόγω της επίχωσης της κοίτης υδατορευμάτων και του ίδιου του Αχελώου από την απόρριψη προϊόντων εκσκαφής, η οποία θα δημιουργήσει και κίνδυνο πλημμυρών.

Το ΣτΕ έκρινε, παράλληλα, ότι τα έργα εκτροπής του Αχελώου, το μεγαλύτερο μέρος των οποίων αναπτύσσεται στην ορεινή - νότια Πίνδο, επηρεάζουν περιοχές, οικοσυστήματα και είδη προστατευόμενα από τις διεθνείς συμβάσεις του Ραμσάρ, της Βέρνης, της Βόννης και του Ρίο. Εξαιτίας τους θα υπάρξει μείωση του διαθέσιμου νερού στον κάτω ρου του Αχελώου, στις εκβολές του ποταμού και στις λιμνοθάλασσες Μεσολογγίου και Αιτωλικού, με συνέπεια να αυξηθεί η συγκέντρωση ρυπαντικών φορτίων. Επίσης, θα μειωθεί η τροφοδοσία από τον Αχελώο των υδροφορέων που εκφορτίζονται στις πηγές Λάμπρας - Λεπινίου, με αποτέλεσμα την αύξηση της συμμετοχής υδάτων επιβαρυμένων με θειικά και τη συνολική υποβάθμιση των υδάτων των πηγών. Η δυσμενέστερη επίπτωση προβλέπεται ότι θα επέλθει στο δέλτα του Αχελώου από τη μείωση της ταχύτητας ροής των υδάτων, από την οποία θα υπάρξει κίνδυνος να προωθηθεί αλμυρή ποσότητα θαλάσσιου νερού και να μειωθεί η ικανότητα αραίωσης και αποκαθαρισμού του ποταμού από τη ρύπανση. Από την κατάκλυση, εξάλλου, των ταμιευτήρων Μεσοχώρας και Συκιάς και τη λειτουργία των έργων το τοπίο από ποταμοκοιλαδικό θα μεταβληθεί σε λιμναίο και θα προκληθεί έτσι σοβαρή διαταραχή στην ισορροπία των παρόχθιων συστημάτων. θα πλημμυρίσουν αρκετά πολιτιστικά μνημεία, μεταξύ των οποίων η Μονή Αγίου Γεωργίου Μυροφύλλου, που έχει χαρακτηριστεί διατηρητέα.