Το έλλειμμα νομοθετικών παρεμβάσεων σε κοινοτικό επίπεδο, αλλά και την έλλειψη συνεργασίας μεταξύ των φορέων παραγωγής, επεξεργασίας τροφίμων και δημοσίων αρχών ελέγχου στο θέμα των Γενετικά Μεταλλαγμένων και Τροποποιημένων τροφίμων, αναγνωρίζει και ο Ενιαίος Φορέας Ελέγχου Τροφίμων (ΕΦΕΤ). Με αφορμή το μεγάλο θόρυβο που έχει ξεσπάσει σε πανευρωπαϊκό επίπεδο και την ανησυχία της κοινής γνώμης, ο ΕΦΕΤ σημειώνει ότι η διεξαγωγή ελέγχων για τη διαπίστωση των γενετικά μεταλλαγμένων τροφίμων, μέσω εξειδικευμένων εργαστηριακών αναλύσεων, παρουσιάζει ιδιαίτερα προβλήματα, που οφείλονται τόσο σε τεχνικές δυσκολίες (απουσία κοινών μεθόδων σε κοινοτικό επίπεδο, δυσκολίες ανίχνευσης γενετικά τροποποιημένων συστατικών σε επεξεργασμένα τρόφιμα κλπ.) όσο και σε νομοθετικά κενά και ασάφειες (δεν υπάρχει υποχρέωση επισήμανσης σε περίπτωση ακούσιας επιμόλυνσης των συστατικών τροφίμων και ζωοτροφών).

Οπως επισημαίνει ο ΕΦΕΤ σε σχετική ανακοίνωσή του, με επιστολή του προς τους επιχειρηματικούς φορείς παραγωγής επεξεργασίας και διάθεσης τροφίμων, έχει ζητήσει τη συμμόρφωσή του προς τις απαιτήσεις της υποχρεωτικής επισήμανσης των τελευταίων ρυθμίσεων με στόχο την κατοχύρωση των δικαιωμάτων ενημέρωσης, και επιλογής των καταναλωτών. Επίσης αποφάσισε τη διεξαγωγή ενός εθνικού προγράμματος διοικητικών και εργαστηριακών ελέγχων για μεταλλαγμένα τρόφιμα. Για το σκοπό αυτό αποφασίστηκε η συγκρότηση ειδικής Επιτροπής διαμόρφωσης και εφαρμογής πρωτοκόλλου ελέγχων με τη συνεργασία εξειδικευμένων εργαστηρίων που θα αναλάβουν τις εργαστηριακές αναλύσεις.

Σύμφωνα με τον ΕΦΕΤ, στην Ευρωπαϊκή Ενωση επιτρέπεται η κυκλοφορία δύο μόνο γενετικά τροποποιημένων «ποικιλιών» σόγιας και αραβοσίτου, αλλά η επισήμανση των τελικών προϊόντων (σογιάλευρα, σογιέλαια, λεκιθίνες, καλαμποκάλευρα κλπ.) είναι υποχρεωτική, σύμφωνα με τους δύο πρόσφατους κοινοτικούς κανονισμούς, όταν η περιεκτικότητα των τροφίμων σε γενετικά τροποποιημένο συστατικό είναι τουλάχιστον 1%. Ωστόσο όμως, η εφαρμογή των παραπάνω κανονισμών απαιτεί συστηματικούς και ολοκληρωμένους ελέγχους σε όλο το φάσμα της τροφικής αλυσίδας από την παραγωγή (ή εισαγωγή) πρώτων υλών ή πολλαπλασιαστικού υλικού (σπόροι) έως τα τελικά (μεταποιημένα) προϊόντα.