Με την έναρξη της Κατοχής η Ρούλα Κουκούλου μετεγκαταστάθηκε στη Λακωνία και οργανώθηκε στο ΕΑΜ. Μετά το Δεκέμβρη του 1944 πήγε στη Μεσσηνία, ως γραμματέας της ΑΕ Καλαμάτας στην αρχή και οργανωτικός γραμματέας της Μεσσηνίας στη συνέχεια, με καθοδηγητές της τον Νίκο Μπελογιάννη και τον Γιώργο Τσιτήλο.

Μετά το 7ο Συνέδριο του ΚΚΕ (1945) η Ρούλα Κουκούλου ήρθε στον Πειραιά και έγινε μέλος της Επιτροπής Πόλης. Μέχρι το 1947 είχε την ευθύνη για το γυναικείο κίνημα. Τον Οκτώβρη του 1947 βγήκε στο βουνό και εντάχθηκε στο ΔΣΕ, με ειδική ευθύνη για τις μαχήτριες του ΔΣΕ.

Το 1955 η Ρούλα Κουκούλου ήρθε στην Ελλάδα παράνομα. Συνελήφθη και φυλακίστηκε. Πέρασε από 4 δίκες, καταδικάστηκε σε 15 χρόνια φυλάκισης. Το 1960 πέρασε από στρατοδικείο και καταδικάστηκε σε ισόβια δεσμά. Απολύθηκε το 1966,μετά από 11 χρόνια φυλακής. Στη συνέχεια δούλεψε στην ΕΔΑ μέχρι τον Απρίλη του 1967,οπότε εξορίστηκε στη Γυάρο, στην Αλικαρνασσό, στον Ωρωπό. Εμεινε 1 χρόνο σε κατ' οίκον περιορισμό στο Νησί της Καλαμάτας. Οταν απελευθερώθηκε δούλεψε στην παρανομία και το 1972 βγήκε παράνομα στο εξωτερικό. Πήρε μέρος στο 9ο Συνέδριο του ΚΚΕ και εκλέχθηκε μέλος της ΚΕ και του ΠΓ. Παρέμεινε στην ΚΕ μέχρι το 13ο Συνέδριο. Μετά το 13ο Συνέδριο δούλεψε στο Κίνημα Ειρήνης.

(Στη φωτογραφία η Κομματική Σχολή στην Τρίπολη το 1944.Διευθυντής της ήταν ο Νίκος Μπελογιάννης,που διακρίνεται στο κέντρο, ενώ η Ρούλα Κουκούλου είναι η δεύτερη πίσω δεξιά του).