Τα ζητήματα (υπαρκτά ή ανύπαρκτα) που εντάσσονται σήμερα στον όρο "ελληνοτουρκικές διαφορές" αφορούν στο θέμα της κυριαρχίας στο Αιγαίο, στην κατοχή της Κύπρου, στο θέμα των μειονοτήτων και στα όσα σχετίζονται στο στρατιωτικό επίπεδο από τη συμμετοχή των δυο χωρών στο ΝΑΤΟ.

Αιγαίο:α. Τα χωρικά ύδατα της Ελλάδας εκτείνονται στα 6 μίλια με δικαίωμα επέκτασης στα 12 μίλια, όπως κατοχυρώθηκε και τυπικά με την υπογραφή του Διεθνούς Δικαίου της Θάλασσας τον Νοέμβρη του 1994. Οι ελληνικές κυβερνήσεις αναφέρουν ότι θα ασκήσουν το δικαίωμα, όταν το κρίνουν σκόπιμο. Η Τουρκία αμφισβητεί το δικαίωμα της Ελλάδας να επεκτείνει τα χωρικά της ύδατα, ενέργεια που τη χαρακτηρίζει αιτία πολέμου, με απόφαση που έχει λάβει και στα πλαίσια της εθνοσυνέλευσής της.

β. Ο εναέριος χώρος της Ελλάδας εκτείνεται στα 10 μίλια πέραν των ακτών. Η Τουρκία δεν αναγνωρίζει δικαίωμα πέραν των 6 μιλίων και προβαίνει σε παραβιάσεις του ελληνικού εναέριου χώρου. Ταυτόχρονα, ζητά να περιοριστεί το FIR Αθηνών (ζώνη ευθύνης της εναέριας κυκλοφορίας πολιτικής αεροπορίας) και να χωριστεί ουσιαστικά το Αιγαίο στη μέση, με την ανάληψη της ευθύνης για την εναέρια κυκλοφορία στο ανατολικό τμήμα του από το FIR Κωνσταντινούπολης.

γ. Ο προσδιορισμός της υφαλοκρηπίδας (ζώνη που εκτείνεται πέραν των χωρικών υδάτων, όπου η παράκτια χώρα έχει κυριαρχικά δικαιώματα και μπορεί να προχωρήσει σε εκμετάλλευση του βυθού και ορίζεται στο μέσον της απόστασης μεταξύ των δύο χωρών) αποτελεί το ζήτημα που η Ελλάδα αποδέχεται ότι θα πρέπει να λυθεί στο Δικαστήριο της Χάγης, στο οποίο προσφεύγει το 1976. Η Τουρκία αν και είχε αποδεχτεί το 1975 να παραπεμφθεί το ζήτημα στο Διεθνές Δικαστήριο, στη συνέχεια άλλαξε στάση και σήμερα διακηρύσσει, κατά παράβαση του Διεθνούς Δικαίου, ότι τα νησιά δεν έχουν δική τους υφαλοκρηπίδα. Το θέμα της υφαλοκρηπίδας οδήγησε σε ιδιαίτερη ένταση τις σχέσεις των δυο χωρών το 1974 και το 1976, μετά από την παροχή άδειας από την Τουρκία σε πλοία της να προχωρήσουν σε έρευνες εντός της ελληνικής υφαλοκρηπίδας.

Η όλη εξέλιξη της υπόθεσης στην Ιμια, αποτελεί προσπάθεια της Τουρκίας να εγγράψει υποθήκη για διεκδικήσεις στο Αιγαίο, αμφισβητώντας πλέον ευθέως την ελληνική κυριαρχία σε νησιά και βραχονησίδες. Η ελληνική κυβέρνηση ακολουθώντας τη γραμμή του στρατιωτικού ανταγωνισμού, κατάφερε να "βοηθήσει" την Τουρκία σε αυτή της την επιδίωξη.

ΝΑΤΟικά στρατηγεία: Η Τουρκία αρνείται τη λειτουργία του στρατηγείου της Λάρισας, δηλαδή του χερσαίου και αεροπορικού ΝΑΤΟικού στρατηγείου, ζητώντας την άσκηση του επιχειρησιακού ελέγχου της νοτιοανατολικής πτέρυγας του ΝΑΤΟ από το στρατηγείο της Σμύρνης. Ουσιαστικά διεκδικεί το στρατιωτικό έλεγχο πάνω από τα νησιά του Αιγαίου. Το όλο θέμα σχετίζεται άμεσα με την επιστροφή της χώρας στο στρατιωτικό σκέλος του ΝΑΤΟ, που κάτω από τη συμφωνία Ρότζερς, έδινε το δικαίωμα στην Τουρκία να αμφισβητεί τα κυριαρχικά δικαιώματα της Ελλάδας στον εναέριο χώρο του Αιγαίου. Παράλληλα, Ελλάδα και Τουρκία διεκδικούν την εγκατάσταση στο έδαφός τους της έδρας των ΝΑΤΟικών Μονάδων Ταχείας Επέμβασης στην περιοχή. Η Ελλάδα έχει προτείνει ως έδρα τη Θεσσαλονίκη, συμφωνώντας να υπάρχει εκ περιτροπής διοικητής των δυνάμεων Ελληνας, Τούρκος, Ιταλός.

Κυπριακό: Από τις 20 Ιούλη 1974 η μισή σχεδόν Κύπρος βρίσκεται κάτω από τουρκική κατοχή μετά το προδοτικό χουντικό πραξικόπημα που έδωσε το άλλοθι για την αποβίβαση του "Αττίλα" στο νησί. Εδώ και 21 χρόνια η Τουρκία με την υποστήριξη των ΗΠΑ καταπατά το Διεθνές Δίκαιο, αρνούμενη να αποδεχτεί τα δεκάδες ψηφίσματα του ΟΗΕ για απομάκρυνση των στρατευμάτων της από το νησί. Η ελληνική κυβέρνηση, μέσα από την προώθηση του "Ενιαίου Αμυντικού Δόγματος" Ελλάδας - Κύπρου, εκτός του ότι συνέβαλε τα μέγιστα στην προσπάθεια για αποδιεθνοποίηση του Κυπριακού και τροφοδότησε το κλίμα στρατιωτικού ανταγωνισμού, ουσιαστικά πρόσφερε τη δική της αρωγή στην "ντε φάκτο" διχοτόμηση του νησιού, παρέχοντας το άλλοθι για νέες επεμβάσεις των ΗΠΑ - Βρετανίας, ώστε η διχοτόμηση να πάρει και επίσημο χαρακτήρα.

Μειονότητες: Πρόκειται για την αξιοποίηση εκ μέρους της γειτονικής χώρας της ύπαρξης μουσουλμανικής μειονότητας στη Θράκη. Η μειονότητα, όπως ορίζεται από τη συνθήκη της Λωζάνης είναι θρησκευτική και όχι εθνική, όπως την εμφανίζουν οι Τούρκοι, κάνοντας λόγο για τουρκική μειονότητα. Η Τουρκία των "πογκρόμ" κατά των Κούρδων και των έκδηλων παραβιάσεων των ανθρωπίνων δικαιωμάτων στο εσωτερικό της κάνει λόγο για παραβίαση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων της μειονότητας στην Ελλάδα, προχωρώντας και σε προκλήσεις, όπως η πρόσφατη επίσκεψη Ακτουνά στη Θράκη, αλλά και σε ανοιχτή υποδαύλιση αντιθέσεων στην περιοχή μεταξύ χριστιανικού και μουσουλμανικού στοιχείου. Οι ελληνικές κυβερνήσεις έκαναν ό,τι μπορούσαν για να προσφέρουν "βοήθεια" στην τουρκική προπαγάνδα, κρατώντας στην οικονομική υπανάπτυξη την περιοχή και αντιμετωπίζοντας ως ανθρώπους δεύτερης κατηγορίας ολόκληρο τον πληθυσμό των ακριτικών περιοχών.