Το Συμβούλιο της Επικρατείας έκρινε μη νόμιμο το σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος του υπουργού Οικονομικών, με το οποίο θεσπίζεται οργανισμός των περιφερειακών τελωνειακών υπηρεσιών του υπουργείου. Επίσης, έκρινε αντισυνταγματική την απόφαση του ίδιου υπουργού του έτους 1989, που αφορούσε τις αρμοδιότητες των τελωνειακών αρχών. Με το σχέδιο ΠΔ, οι περιφερειακές τελωνειακές αρχές προβλέπεται να χωριστούν σε 13 Διευθύνσεις Τελωνείων, που θα λειτουργούν σε διανομαρχιακό επίπεδο, σε νομαρχιακά τελωνεία Α, Β και Γ τάξης και σε τοπικά τελωνειακά γραφεία. Το ΣτΕ αναφέρει στο πρακτικό του ότι η αρμοδιότητα των τελωνειακών αρχών, εκτός από τις περιφερειακές τελωνειακές διευθύνσεις, παραμένει ασαφής. Οσον αφορά την απόφαση του υπουργού Οικονομικών για τον καθορισμό των αρμοδιοτήτων των τελωνειακών αρχών, "δε συνάδει με το άρθρο 4 του Συντάγματος, καθώς αυτές πρέπει να ρυθμίζονται με Προεδρικό Διάταγμα".