Ανούσια κριτική επί της διαδικασίας ασκεί η ηγεσία της ΝΔ στην ένθερμη υποταγή της κυβέρνησης Σημίτη στη νέα δομή του ΝΑΤΟ, αφήνοντας στο απυρόβλητο τη "συμμαχία", σε μια προσπάθεια να καρπωθεί τη φθορά από τους χειρισμούς της. Ο Κ. Καραμανλής σε χτεσινή του δήλωση περιόρισε τα "πυρά" του στο ότι η κυβέρνηση εφαρμόζει την πολιτική της για τέτοια σοβαρά θέματα"εν κρυπτώ", γεγονός που "οδηγεί σε μεγάλα ερωτηματικά για το καθεστώς που υπάρχει στο Αιγαίο". Δε δίστασε να προχωρήσει σε μεγαλόστομες διακηρύξεις του τύπου ότι έχει μεγάλη σημασία "να προασπίζεται μια χώρα τα κυριαρχικά της δικαιώματα και την ακεραιότητά της και βεβαίως για την Ελλάδα τα δικαιώματά της, όπως τα εξασφαλίζει το Διεθνές Δίκαιο στο Αιγαίο, είναι αναφαίρετα και κυριαρχικά", αλλά βέβαια δεν απάντησε πώς μπορεί να διασφαλιστεί κάτι τέτοιο στο πλαίσιο της νέας δομής του ΝΑΤΟ. Παράλληλα, επιτέθηκε και στους διαφωνούντες του ΠΑΣΟΚ λέγοντας ότι δεν μπορούν να ευτελίζονται τόσο σοβαρά θέματα με δηλώσεις όπως αυτή του Γερ. Αρσένη ότι "από δω και πέρα θα είμαστε σε ναρκοπέδιο".

Χαρακτηριστική της κριτικής που ασκεί η ΝΔ στην κυβέρνηση είναι η δήλωση της Μ. Γιαννάκου στον "9,84": "Το πρόβλημα δεν προκύπτει από τη νέα δομή του ΝΑΤΟ, αλλά από το ότι ο γείτονάς μας δε σέβεται ορισμένα πράγματα. Αν η Τουρκία τα σεβόταν, τότε δε θα είχε κανείς πρόβλημα με τη νέα δομή του ΝΑΤΟ".