Σοβαρά και πολύμορφα προβλήματα έχει δημιουργήσει η εφαρμογή της Συνθήκης Σένγκεν στις οικονομικές και εμπορικές συναλλαγές της Ελλάδας με τους βόρειους γείτονές της, ιδιαίτερα στην αγορά και στην τουριστική κίνηση της Βόρειας Ελλάδας. Το γεγονός, πως απαιτείται πλέον η χορήγηση βίζας - και μάλιστα με αυστηρές προϋποθέσεις - για την είσοδο ενός πολίτη των χωρών αυτών στην Ελλάδα, αποτελεί έναν σοβαρό, αποθαρρυντικό παράγοντα και οι συνέπειες είναι ήδη φανερές. Χαρακτηριστικό είναι πρόσφατο δημοσίευμα της τοπικής εφημερίδας του Κιλκίς "Αδέσμευτη Γνώμη", που σημειώνει και τα παρακάτω: "Από το συνοριακό σταθμό των Ευζώνων διέρχονταν καθημερινά, πριν την εφαρμογή της Συνθήκης του Σένγκεν, 400 επιβατικά από την ΠΓΔΜ, τώρα περνούν 40 - 50. Η εφαρμογή της συνθήκης προκαλεί και πολύωρες καθυστερήσεις, αφού κάθε διερχόμενος φακελώνεται ηλεκτρονικά και του γίνεται ηλεκτρονικός έλεγχος".

Και να σκεφθούμε, ότι βρισκόμαστε στην αρχή ακόμη. Για παράδειγμα, μόλις προχτές κόπηκε η χορήγηση αδειών εισόδου (βίζες) για τους Ελληνες πολίτες στα ελληνοσκοπιανά σύνορα. Από δω και πέρα βίζα θα χορηγείται μόνο στα γραφεία του Συνδέσμου της ΠΓΔΜ στην Αθήνα. Μέτρο, που αποτελεί προφανώς την απάντηση της ΠΓΔΜ στα μέτρα υλοποίησης της Σένγκεν από την ελληνική κυβέρνηση.