Οργιο φοροδιαφυγής πραγματοποιείται από τις επιχειρήσεις που δραστηριοποιούνται στο χώρο των ενδοκοινοτικών συναλλαγών, σύμφωνα με εγκύκλιο που απέστειλε στις αρμόδιες υπηρεσίες του το υπουργείο Οικονομικών. Στην εγκύκλιο αυτή, που αναφέρεται στη δημιουργία της ενιαίας αγοράς το 1993 μεταξύ των κρατών - μελών της Ευρωπαϊκής Ενωσης, επισημαίνεται πως η κατάργηση των ελέγχων στα τελωνειακά σύνορα και η απλούστευση των διαδικασιών "επέφερε ραγδαία αύξηση των ενδοκοινοτικών συναλλαγών, γεγονός όμως που διευκόλυνε τη φοροδιαφυγή στον τομέα αυτό".

Η καθιέρωση από την ΕΕ από το 1993 του συστήματος VIES και οι διασταυρώσεις μέσω των υποβαλλόμενων από τις επιχειρήσεις καταστάσεων ενδοκοινοτικών παραδόσεων και αποκτήσεων, φαίνεται πως δεν έχουν επιφέρει τα προσδοκώμενα για την αντιμετώπιση του συγκεκριμένου φαινομένου. Αξιοσημείωτες, για το όργιο φοροδιαφυγής που πραγματοποιείται στο χώρο αυτό, είναι σχετικές μελέτες της ΕΕ, από τις οποίες προέκυψε ότι οι περισσότερες απάτες στον τομέα των ενδοκοινοτικών συναλλαγών ως προς το ΦΠΑ διενεργούνται μέσω των εξής μηχανισμών:

• Ψευδείς ενδοκοινοτικές παραδόσεις εμπορευμάτων σε άλλο κράτος - μέλος της ΕΕ χωρίς να χρεωθεί ο ΦΠΑ στο τιμολόγιο (όπως προβλέπεται), ενώ στην πραγματικότητα τα εμπορεύματα είτε έχουν πωληθεί στην εσωτερική αγορά και ο ΦΠΑ δεν έχει αποδοθεί, είτε έχουν ληφθεί εικονικά τιμολόγια αγορών από την εσωτερική αγορά και στη συνέχεια ζητείται η επιστροφή του ΦΠΑ αυτών.
• Ενδοκοινοτικές αποκτήσεις αγαθών από άλλο κράτος - μέλος, οι οποίες είτε δεν καταχωρούνται στα βιβλία και δηλώνονται στις οικείες δηλώσεις, είτε δηλώνονται με διαφορετική αξία.
• Παρόμοια με τη φοροδιαφυγή στις ενδοκοινοτικές συναλλαγές είναι η απάτη που αφορά ψευδείς εξαγωγές προς τρίτες χώρες (εκτός ΕΕ), όπου χρησιμοποιούνται παραποιημένα έγγραφα (διασαφήσεις όπως αποκαλούνται).
• Απάτη τύπου "Καρουζέλ". Στην περίπτωση αυτή γίνεται μετακύληση του φόρου εισροών μέσω διαδοχικών πωλήσεων της μιας επιχείρησης προς την άλλη (στροβιλισμός της συναλλαγής). Χρησιμοποιούνται διάφορες επιχειρήσεις (στις οποίες συνήθως συμμετέχουν τα ίδια άτομα) και τελικά κάποια ή κάποιες από αυτές δεν αποδίδουν το φόρο και εξαφανίζονται.
• Επιχειρήσεις "Φοίνικας". Επιχειρήσεις που υπολειτουργούν ή τίθενται σε αδράνεια και με επανάληψη αργότερα της δραστηριότητάς τους, με σκοπό την πραγματοποίηση ενδοκοινοτικών συναλλαγών, τη μη απόδοση ΦΠΑ ή την έκδοση και λήψη πλαστών - εικονικών στοιχείων.

Στα παραπάνω πλαίσια το υπουργείο Οικονομικών δίνει οδηγίες στις αρμόδιες υπηρεσίες να προβούν στις παρακάτω ενέργειες:

• Να ελέγχονται άμεσα οι αποστελλόμενες από το γραφείο VIES της αρμόδιας διεύθυνσης ΦΠΑ ετήσιες καταστάσεις ενδοκοινοτικών αποκτήσεων.
• Οι επιχειρήσεις με πραγματοποίηση ενδοκοινοτικών συναλλαγών να παρακολουθούνται ιδιαιτέρως και επισταμένως ως προς την ορθή απόδοση του ΦΠΑ. Επίσης να παρακολουθούνται ξεχωριστά οι επιχειρήσεις κατά το πρώτο διάστημα λειτουργίας τους από την έναρξη των εργασιών τους ή από την ημερομηνία υποβολής δήλωσης μεταβολής για την πραγματοποίηση ενδοκοινοτικών συναλλαγών ή από την ημερομηνία που παύουν να βρίσκονται σε αδράνεια και επαναδραστηριοποιούνται.
• Στις επιχειρήσεις που πραγματοποιούν εξαγωγές ή εισαγωγές με τρίτες χώρες εκτός ΕΕ να ελέγχεται αν οι διασαφήσεις που υπάρχουν είναι οι σωστές ή έχουν παραποιηθεί και σε περίπτωση υπονοιών να ζητούνται πληροφορίες με κάθε πρόσφορο τρόπο από το αρμόδιο τελωνείο εισόδου ή εξόδου των εμπορευμάτων.
• Σε κάθε περίπτωση ενδοκοινοτικών συναλλαγών (παραδόσεων ή αποκτήσεων) ή εισαγωγών - εξαγωγών από ή προς τρίτη χώρα, να ελέγχεται ο τρόπος εξόφλησης καθενός τιμολογίου, αν δηλαδή υπάρχει παραστατικό τράπεζας για την είσπραξη ή την πληρωμή κατά περίπτωση του σχετικού ποσού. Οταν δεν υφίστανται τέτοια παραστατικά και η επιχείρηση ισχυρίζεται ότι η συναλλαγή έγινε με μετρητά, χωρίς τη μεσολάβηση τράπεζας, τότε η υπόθεση θα θεωρείται ύποπτη και ο έλεγχος της συγκεκριμένης περίπτωσης θα διενεργείται σε βάθος.