Είναι πραγματικά ύποπτο το γεγονός ότι δεν έχει βρεθεί ακόμα το «μαύρο κουτί» του πλοίου, το οποίο θα μπορούσε να δώσει απαντήσεις σε πολλά από τα ερωτήματα που παραμένουν μετέωρα σχετικά με το ναυάγιο και τα όσα ακολούθησαν. Το «μαύρο κουτί», με το οποίο είναι εφοδιασμένα τα επιβατηγά πλοία, καταγράφει περίπου 45-60 διαφορετικά δεδομένα, από τη γέφυρα έως και τον κινητήρα, δηλαδή σχεδόν τα πάντα: Ομιλίες στη γέφυρα, ομιλίες στα VHF, ενδείξεις του ραντάρ, δεδομένα από το AIS (ποια πλοία βρίσκονται γύρω), ταχύτητα, πίεση στο κήτος, συνολική λειτουργία του κινητήρα κλπ.

Η εξωτερική μονάδα του «μαύρου κουτιού» αντέχει σε 6.000 μέτρα βάθος και οι προδιαγραφές είναι τέτοιες ώστε να μην παθαίνει την παραμικρή ζημιά ακόμα και κάτω από συνθήκες που προσομοιώνουν την πτώση από αεροπλάνο που πετάει σε ύψος 3 χιλιομέτρων. Τα δεδομένα είναι καταγεγραμμένα με ασφάλεια στην κάψουλα, αλλά και - στους περισσότερους τύπους - σε σκληρό δίσκο μέσα στη γέφυρα. Δηλαδή μπορούν εύκολα να ανακτηθούν. Βάσει του κανονισμού, το «μαύρο κουτί» πρέπει να λειτουργεί ακόμα και 2 ώρες μετά από ενδεχόμενο μπλακ άουτ, καταγράφοντας μόνο συνομιλίες στη γέφυρα και τον ασύρματο.

Στο συγκεκριμένο ατύχημα, το Λιμενικό έπρεπε να είχε αφαιρέσει έγκαιρα το «μαύρο κουτί», πράγμα όμως που δεν έκανε, αν και από τα δεδομένα φαίνεται πως είχε τη δυνατότητα και το χρόνο. Το γεγονός όμως ότι ακόμα και τώρα δεν υπάρχει καμιά ένδειξη ύπαρξης της συγκεκριμένης συσκευής (παρά το γεγονός ότι και το ίδιο εκπέμπει σήμα) γεννά πολλά ερωτήματα, αφού η θέση του «μαύρου κουτιού» είναι πάνω από τη γέφυρα, στο χώρο των κεραιών, σε σημείο που να μπορεί να αφαιρεθεί από βαθυσκάφος με ρομπότ, ακόμα και σε βάθος 6.000 μέτρων.