Από τις αρχές της δεκαετίας του '90, με τους αρνητικούς συσχετισμούς δύναμης στο φοιτητικό κίνημα, έγινε φανερή η πρόθεση των παρατάξεων ΔΑΠ και ΠΑΣΠ να «διαλύσουν» ουσιαστικά την ΕΦΕΕ.

Το 1992, για παράδειγμα, η ΠΑΣΠ αποχώρησε από το Πανσπουδαστικό Συνέδριο κι έτσι αυτό δεν πραγματοποιήθηκε. Το 1993, αντίστοιχα, αποχώρησε η ΔΑΠ, αλλά οι υπόλοιπες παρατάξεις προχώρησαν τελικά στη διεξαγωγή του, αφήνοντας τις έδρες της αδιάθετες. Η πραγματοποίηση του Συνεδρίου έγινε ουσιαστικά μετά από πρόταση και επιμονή της ΠΚΣ, η οποία και την προηγούμενη χρονιά είχε προτείνει να πραγματοποιηθεί με αδιάθετες τις έδρες της ΠΑΣΠ, αλλά η ΕΑΑΚ με τη στάση της εμπόδισε τη διεξαγωγή του.

Το 1997, η ΔΑΠ και η ΠΑΣΠ δεν εμφάνισαν τους συνέδρους τους στο χώρο, όπου μοιράζονταν οι κάρτες, ενώ οι παρατάξεις ΕΑΑΚ και «Νέοι Ορίζοντες» (βλέπε «Πολιτική Ανοιξη» του Α. Σαμαρά), παρακώλυαν τη διαδικασία με αλλεπάλληλες ενστάσεις. Το 1998, για άλλη μια φορά, ΔΑΠ και ΠΑΣΠ δεν «πάτησαν» σε καμιά διαδικασία της τεχνικής γραμματείας με τη δικαιολογία ότι θέλουν καταστατικό Συνέδριο, παρ' όλο που το ΚΣ της ΕΦΕΕ δεν πήρε τέτοια απόφαση.

Τις επόμενες χρονιές δεν υπήρχε συμφωνία ούτε καν για να οριστεί ημερομηνία διεξαγωγής του Συνεδρίου. Το 2001 το Συνέδριο έφτασε στο «παρά πέντε» της διεξαγωγής του, με την ΠΑΣΠ όμως να μην έχει εμφανιστεί και πάλι, ενώ ΔΑΠ και ΕΑΑΚ, συστηματικά όλο το τετραήμερο, προσπάθησαν να μειώσουν το Σώμα των αντιπροσώπων στο Συνέδριο. Αποτέλεσμα ήταν να δοθούν μόνο 400 κάρτες αντιπροσώπων όλο το τετραήμερο σε σύνολο 918 από όλους τους συλλόγους της Ελλάδας. Οσο για το ΔΙΚΤΥΟ, με 11 αντιπροσώπους σε 918, παζάρεψε ανταλλάγματα, προκειμένου να μην αποτυπωθεί η εξαφάνισή του από τα ΑΕΙ. Το 2002 η ΠΑΣΠ έφτασε να θεωρεί αναξιόπιστα τα αποτελέσματα των φοιτητικών εκλογών, αρνούμενη την εγκυρότητα των πρακτικών των συλλόγων που ήταν υπογεγραμμένα από όλες τις παρατάξεις σε κάθε σύλλογο.

Τα «παζάρια» δεν έλειψαν και φέτος που η ΔΑΠ ζητούσε πριν τη συγκρότηση τεχνικής γραμματείας να συναποφασιστεί μεταξύ των παρατάξεων ότι θα δοθούν κάρτες στο 100% των συλλόγων (ακόμα και σ' αυτούς που αποδεδειγμένα έγινε νοθεία, ψήφισαν στρατιωτικοί κ.ο.κ.) και οι ΕΑΑΚ - ΔΙΚΤΥΟ ζητούσαν να προαποφασιστεί η απόρριψη συλλόγων.