Μία από τις δύο θέσεις θα πρέπει να επιλέξουν οι πανεπιστημιακοί - του διευθυντή γιατρού του ΕΣΥ ή του καθηγητή πανεπιστημίου. Το Γ' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ), υπό διευρυμένη επταμελή σύνθεση, βάζει τέρμα στη διπλοθεσία των γιατρών και με 14 αποφάσεις του έκρινε ότι είναι νόμιμος και συνταγματικός ο νόμος που βάζει περιορισμούς στους πανεπιστημιακούς καθηγητές να κατέχουν μία από τις δύο θέσεις, είτε του πανεπιστημιακού είτε του διευθυντή γιατρού του ΕΣΥ.

Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει πανεπιστημιακοί - διευθυντές γιατροί του ΕΣΥ και ζητούσαν να απορριφθεί η σχετική απόφαση που έβαζε φραγμό στη διπλοθεσία της. Το Γ' Τμήμα του Ανώτατου Διοικητικού Δικαστηρίου με σειρά αποφάσεών του (3898-3902/2000) απέρριψε τις προσφυγές των διπλοθεσιτών γιατρών και έκρινε ότι η απαγόρευση της διπλοθεσίας κινείται μέσα στα συνταγματικά πλαίσια.