1. Το σχέδιο του νόμου - πλαισίου δεν ορίζει τις λεπτομέρειες για τη λειτουργία των Πανεπιστημίων και των ΤΕΙ. Κάθε ίδρυμα θα έχει τις δικές του «αρχές», αφού θα λειτουργεί σαν μια ξεχωριστή επιχείρηση με έσοδα, έξοδα, επενδύσεις κ.ά. Σχεδόν όλα θα καθορίζονται στον «οργανισμό» και τον «εσωτερικό κανονισμό σπουδών» (τα προγράμματα σπουδών, διάρκεια σπουδών, εργασιακές σχέσεις καθηγητών και προϋποθέσεις πρόσληψής τους κ.ά.). Ο «οργανισμός» του κάθε ιδρύματος θα εκδίδεται σε ΠΔ μετά από απόφαση του Συμβουλίου Διοίκησής του και μεταξύ άλλων θα περιέχει την οργάνωση της ακαδημαϊκής, διοικητικής και οικονομικής λειτουργίας, τη λειτουργία των οργάνων, «τα ειδικά προσόντα επιλογής και εξέλιξης των μελών του εκπαιδευτικού προσωπικού», τις υποχρεώσεις καθηγητών και φοιτητών, τα όργανα ελέγχου, τα προγράμματα σπουδών, την ίδρυση μεταπτυχιακής σχολής, την εκπροσώπηση φοιτητών και καθηγητών κ.ά. Στον εσωτερικό κανονισμό προσδιορίζονται ειδικότερα ζητήματα, όπως ο τρόπος αξιολόγησης των φοιτητών, «οι ειδικότεροι τύποι πτυχίων ή τίτλοι σπουδών ανά σχολή και πρόγραμμα σπουδών», «ειδικότερα θέματα φύλαξης της περιουσίας του ιδρύματος» κ.ά. Γι' αυτό και η κυβέρνηση επιχειρηματολογεί λέγοντας ότι τα ιδρύματα απογαλακτίζονται από το κράτος, θα μπορούν να αποφασίζουν για τα πάντα μόνα τους κι έτσι αποκτούν πλήρη αυτοδιοίκηση.

2. Σε κάθε Πανεπιστήμιο και ΤΕΙ δημιουργείται ένα Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου «με τη μορφή Ανώνυμης Εταιρείας» με μία μόνο μη μεταβιβάσιμη μετοχή που ανήκει στο οικείο ΑΕΙ, για την αξιοποίηση και διαχείριση μέρους ή του συνόλου των πόρων «πλην των πόρων που προέρχονται από τον τακτικό προϋπολογισμό και το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων». Σε αυτό θα ενταχθούν οι υπάρχουσες εταιρείες που λειτουργούσαν μέχρι τώρα στα ΑΕΙ (διαχείρισης περιουσίας, ειδικοί λογαριασμοί κ.ο.κ.). Στις αρμοδιότητες του νέου ΝΠΙΔ θα είναι μεταξύ άλλων:

3. Κρατική χρηματοδότηση και με βάση την «ανταγωνιστικότητα» του ιδρύματος. Τα ιδρύματα θα καταρτίζουν ανά τετραετία ένα ...«μπίζνες πλαν» για τη λειτουργία και την ανάπτυξή τους. Η δημόσια χρηματοδότηση θα δίνεται κατά ένα μέρος με βάση ποσοτικούς δείκτες (π.χ. αριθμός φοιτητών κλπ.) και κατά ένα άλλο μέρος με βάση τους δείκτες «ανταγωνιστικότητας» που θέτει το υπουργείο, αλλά και τους στόχους που βάζουν τα ίδια. Το δεύτερο μέρος, δηλαδή, θα είναι είτε μπόνους, είτε τιμωρία, ανάλογα με το πόσο αποτελεσματικά είναι τα ιδρύματα στη λειτουργία τους με τους όρους της αγοράς.

4. Τα Πανεπιστήμια και τα ΤΕΙ θα διοικούνται από τα Συμβούλια, τα οποία θα λειτουργούν περίπου σαν ΔΣ μιας ΑΕ, αφού θα έχουν την ευθύνη για τη διοίκηση της επιχείρησης. Τα μέλη των Συμβουλίων θα είναι 15 (ή 9 για τα μικρότερα ιδρύματα). Τα οκτώ (ή τα πέντε) θα είναι καθηγητές (εκλεγμένοι από το σύνολο των καθηγητών του ιδρύματος) και ένας εκπρόσωπος φοιτητών (εκλεγμένος με ενιαίο ψηφοδέλτιο από τους ενεργούς προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές). Τα υπόλοιπα 7 μέλη δε θα προέρχονται απ' το ίδρυμα. Αντίστοιχη διοίκηση θα έχουν οι σχολές με επικεφαλής τον κοσμήτορα και το Συμβούλιο της Σχολής.