Οι ανοσολόγοι από παλιά θεωρούσαν ότι όσοι υποφέρουν από αλλεργίες είναι θύματα μιας αχρείαστης αντίδρασης τύπου 2 του οργανισμού, που προέκυψε εξελικτικά για την προστασία από παράσιτα. Η αντίδραση τύπου 2 λειτουργεί δυναμώνοντας τους προστατευτικούς φραγμούς του σώματος, διευκολύνοντας την αποβολή των παρασίτων.

Ο άλλος τρόπος που το σώμα μας καταπολεμά τις επιβλαβείς ουσίες, είναι μέσω της αντίδρασης τύπου 1, που σκοτώνει παθογόνα, όπως οι ιοί και τα βακτήρια, μαζί με τα κύτταρα του οργανισμού που έχουν μολυνθεί. Τα μικρότερα παθογόνα, όπως οι ιοί, μπορούν να σκοτωθούν από το ανοσοποιητικό, αλλά τα μεγαλύτερα, όπως τα παράσιτα, είναι πιο αποτελεσματικό να αντιμετωπίζονται αμυντικά.

Ο Ρουσλάν Μεντζίτοφ, του πανεπιστημίου Γέιλ των ΗΠΑ, δεν αποδέχτηκε ποτέ την ιδέα ότι οι αλλεργίες είναι στρατιώτες που ξεστράτισαν από τον ανοσοποιητικό στρατό ενάντια στα παράσιτα. Τα παράσιτα και οι ουσίες που προκαλούν τις αλλεργίες, τα αλλεργιογόνα, δεν έχουν τίποτα κοινό, υποστηρίζει. Υπάρχει τεράστιος αριθμός αλλεργιογόνων και οι αλλεργικές αντιδράσεις μπορεί να είναι ταχύτατες (στην κλίμακα των δευτερολέπτων), σε αντίθεση με την αντίδραση στα παράσιτα.

Σύμφωνα με τον Μεντζίτοφ και τους συναδέλφους του, οι αλλεργίες προέκυψαν εξελικτικά ως μηχανισμοί προστασίας. Για παράδειγμα όταν αναπνεύσει κανείς ένα αλλεργιογόνο, παράγεται βλέννα. Αρχίζει καταρροή, φτάρνισμα και βήχας. Οταν το αλλεργιογόνο επηρεάσει το δέρμα, τότε αρχίζει το ξύσιμο, η προσπάθεια αποφυγής του αλλεργιογόνου. Στην περίπτωση που το αλλεργιογόνο φτάσει στο στομάχι, συχνά η αντίδραση του οργανισμού είναι ο εμετός.

Σύμφωνα με μελέτη του 2006, κύτταρα - κλειδιά στις αλλεργικές αντιδράσεις μπορούν να υποβαθμίσουν την τοξικότητα του δηλητηρίου των φιδιών και των κεντριών των μελισσών. Αλλη νεώτερη μελέτη έδειξε ότι η αλλεργική αντίδραση στο σάλιο των τσιμπουριών δυσκολεύει την προσκόλληση και την απομύζηση αίματος.

Πώς μπορούν όλα αυτά να συνδυαστούν με την κυρίαρχη αντίληψη για τις αλλεργίες; Ερευνα που δημοσιεύτηκε το 2011 αναφέρει ότι τα παιδιά που μεγαλώνουν σε φάρμες στις οποίες εκτίθενται σε πολλούς μικροοργανισμούς είναι λιγότερο επιρρεπή στο άσθμα και τις αλλεργίες, σε σχέση με άλλα παιδιά που μεγαλώνουν σε πιο καθαρό περιβάλλον. Σύμφωνα με τη θεωρία της υγιεινής, όπως ονομάστηκε, άτομα που έρχονται σε επαφή με πλειάδα βακτηρίων και ιών νωρίς στη ζωή τους, αναπτύσσουν την ικανότητα του ανοσοποιητικού τους σε αντιδράσεις τύπου 1, σε βάρος των αντιδράσεων τύπου 2. Ο Μεντζίτοφ και οι συνεργάτες του εκτιμούν ότι αυτή η θεωρία μπορεί να συνυπάρξει με τη δικιά τους. Αν και οι απόψεις τους εγείρουν περισσότερα ερωτήματα απ' όσα απαντούν, πολλοί επιστήμονες δεν τις θεωρούν αβάσιμες και απορριπτέες με την πρώτη ματιά.