Τα έργα του Θεόφιλου είναι ζωγραφισμένα απευθείας σε ύφασμα, χωρίς την ύπαρξη προετοιμασίας, γεγονός που τα καθιστά ιδιαίτερα ευαίσθητα σε ορισμένους παράγοντες φθοράς. Γύρω στα 1960, είχαν στερεωθεί με καρφιά σε ξύλινα τελάρα και είχαν τοποθετηθεί σε κορνίζες από λεπτό κοντραπλακέ με Plexiglas, το οποίο είχε ως αποτέλεσμα τη δυσκολία παρατήρησης του έργου από τον επισκέπτη, λόγω αντανάκλασης του Plexiglas, καθώς και τη δημιουργία ευνοϊκού μικροκλίματος για την ανάπτυξη μικροοργανισμών και την εκκόλαψη εντόμων.
Οι φθορές που παρουσίαζαν τα έργα είχαν προκληθεί από τον τρόπο στήριξης και ανάρτησής τους, καθώς και από την έκθεσή τους σε ακτινοβολία και ακατάλληλες περιβαλλοντικές συνθήκες. Οι κυριότερες φθορές περιελάμβαναν χρωματική αλλοίωση της ζωγραφικής επιφάνειας, αποδυνάμωση του υφάσματος, επιφανειακούς ρύπους, οπές από τη δράση εντόμων καθώς και ανάπτυξη μυκήτων (μούχλας) στην πίσω όψη ορισμένων έργων.
Η διαδικασία συντήρησης χωρίζεται σε τρία στάδια: Επέμβαση, αναλύσεις και ανάδειξη. Κατά το πρώτο στάδιο έγιναν εργασίες όπως αφαίρεση των έργων από τα ξύλινα τελάρα, επιφανειακός καθαρισμός, συμπλήρωση περιοχών απώλειας, αντιμετώπιση της βιολογικής προσβολής, καθώς και τοποθέτησή τους με ράψιμο σε νέες βάσεις υποστήριξης, κατάλληλα κατασκευασμένες από τους συντηρητές για ζωγραφικά έργα σε ύφασμα. Στο δεύτερο στάδιο πραγματοποιήθηκαν αναλύσεις των χρωστικών σε συνεργασία με το Τμήμα Χημικών Μηχανικών του ΕΜΠ με μη-καταστρεπτικές μεθόδους, καθώς και αναλύσεις των μικροοργανισμών που έχουν προσβάλει κάποια από τα έργα σε συνεργασία με το Τμήμα Μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής Αθήνας. Τέλος, το τρίτο στάδιο αφορά στην πρόληψη πρόκλησης περαιτέρω φθορών στα έργα και στην ανάδειξή τους και περιλαμβάνει τη βελτίωση της μεθόδου ανάρτησης με ειδικά κατασκευασμένες κορνίζες από ξύλο οξιάς.