Ποινική δίωξη σε βάρος τριών υπαλλήλων του ΚΕΕΛΠΝΟ ασκήθηκε από την Εισαγγελία Πρωτοδικών. Τη μηνυτήρια αναφορά είχαν καταθέσει οι βουλευτές της ΝΔ Αδ. Γεωργιάδης και Κ.Τζαβάρας, με αφορμή διαγωνισμό που αφορούσε την πρόσληψη γιατρών και νοσηλευτών. Η Εισαγγελία άσκησε δίωξη σε βάρος των υπαλλήλων και κατά παντός άλλου υπευθύνου, για τα αδικήματα της απάτης από κοινού, σε συνδυασμό με τις επιβαρυντικές περιστάσεις του νόμου 1608/50 περί καταχραστών του Δημοσίου, της παράνομης επεξεργασίας προσωπικών δεδομένων με σκοπό το παράνομο περιουσιακό όφελος και τη βλάβη τρίτου, και της υπεξαγωγής εγγράφου από κοινού με σκοπό τον προσπορισμό σε άλλον αθέμιτου οφέλους. Η υπόθεση βρίσκεται πλέον σε ανακριτή Διαφθοράς.

Ο φάκελος ως προς τα πολιτικά πρόσωπα έχει διαβιβαστεί στη Βουλή από τον Ιούλη του 2016. Οι βουλευτές της ΝΔ στρέφονταν κατά του υπουργού Υγείας, Ανδ. Ξανθού, του αναπληρωτή υπουργού, Π. Πολάκη και κατά παντός άλλου υπευθύνου, ζητώντας να διερευνηθούν τυχόν ποινικές ευθύνες για διάπραξη κακουργηματικών πράξεων, όπως παραβίαση προσωπικών δεδομένων κ.ά. Οι Αδ. Γεωργιάδης και Κ. Τζαβάρας είχαν καταγγείλει ότι ο Π. Πολάκης επεξεργάστηκε αυθαίρετα - στο πλαίσιο του διαγωνισμού - τις αιτήσεις γιατρών και νοσηλευτών για τις ΜΕΘ και αντικατέστησε τη λίστα επιτυχόντων που είχε εκδώσει η ειδική επιτροπή του ΚΕΕΛΠΝΟ με τη δική του. Το υπουργείο είχε απαντήσει ότι η επεξεργασία αφορούσε τη «διόρθωση» λαθών στη μοριοδότηση.