Επίσης, η ΠΚΣ ανέδειξε τα ειδικά προβλήματα του Πανεπιστημίου, τα οποία είναι απόρροια της συνολικότερης αντιεκπαιδευτικής πολιτικής και των αναδιαρθρώσεων στο χώρο της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης. Πιο συγκεκριμένα, έντονο είναι το πρόβλημα της στέγασης, καθώς μόνο το 8% (δηλαδή 1.000 φοιτητές από τους 13.500 σε ΑΕΙ και ΤΕΙ που υπάρχουν στα Γιάννενα) των φοιτητών στεγάζεται στις εστίες, με άμεση επίπτωση ένας φοιτητής για να μπορέσει να ζήσει στα Γιάννενα με τα πανάκριβα ενοίκια, που οι τιμές τους διαμορφώνονται βάσει της ζήτησης που υπάρχει, να χρειάζεται 250.000 δρχ. το μήνα. Οσον αφορά στις φοιτητικές κατοικίες, στο ένα συγκρότημα των εστιών πληρώνουν ενοίκιο 15.000 δρχ. το μήνα και δε λείπουν οι προσπάθειες να γίνει αύξηση σε αυτό, ενώ στο δεύτερο συγκρότημα οι συνθήκες διαβίωσης είναι άθλιες. Σοβαρό, επίσης, πρόβλημα είναι αυτό της μεταφοράς από και προς την Πανεπιστημιούπολη. Τα δρομολόγια δεν είναι συχνά σε ώρες αιχμής, παρόλο τον όγκο των φοιτητών που μετακινούνται, σταματούν στις 11 το βράδυ, ενώ αναγκάζονται να πληρώνουν εισιτήρια σε ιδιαίτερα «τσουχτερή» τιμή. Το Πανεπιστήμιο των Ιωαννίνων αντιμετωπίζει πρόβλημα, επίσης, με τα νέα τμήματα των Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών, των Επιστημών Τέχνης, της Επιστήμης Υλικών και του Οικονομικού, που χρηματοδοτούνται αποκλειστικά από τα προγράμματα ΕΠΕΑΕΚ, η χρηματοδότηση των οποίων κάθε χρόνο είναι όλο και λιγότερη, το διοικητικό προσωπικό είναι απλήρωτο εδώ και 6 μήνες και οι καθηγητές δεν είναι μόνιμοι αλλά μεταφερόμενοι από άλλα τμήματα.