Το ΕΚΤΕΠΝ λειτουργεί από την ίδρυσή του, το 1993, στο Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Ψυχικής Υγιεινής (ΕΠΙΨΥ) και το 1998 ανακηρύσσεται Εθνικό Κέντρο επίσημα αρμόδιο για τη συλλογή αξιόπιστων και συγκρίσιμων πληροφοριών για όλες τις παραμέτρους του προβλήματος των ναρκωτικών στον ελληνικό χώρο, δηλαδή ο μοναδικός φορέας στη χώρα μας, που καταγράφει, συλλέγει και αναλύει στοιχεία εθνικής εμβέλειας για τα ναρκωτικά. Χρηματοδοτείται από την ΕΕ και από τον ΟΚΑΝΑ κατόπιν σχετικής υπουργικής απόφασης ανανεούμενης ανά τριετία. Ωστόσο, ο ΟΚΑΝΑ σταμάτησε τη χρηματοδότησή του, παρόλο που υπάρχει σχετικό συμβόλαιο διάρκειας δύο επιπλέον ετών (2008 - 2009). Να σημειωθεί ότι τα προηγούμενα χρόνια είχε προηγηθεί το κλείσιμο του Κέντρου Εκπαίδευσης Στελεχών.
Ο Ηλίας Μιχαλαρέας, εκπροσωπώντας το Εθνικό Συμβούλιο κατά των Ναρκωτικών (ΕΣΥΝ), την Πανελλαδική Συντονιστική Επιτροπή Φορέων για την αντιμετώπιση των ναρκωτικών, είπε ανάμεσα σε άλλα: «Είναι ξεκάθαρο ότι εδώ υπάρχει μια πολιτική απόφαση. Δεν έχει κλείσει τυχαία ούτε το αντίστοιχο τμήμα του Κέντρου Εκπαίδευσης Στελεχών, ούτε σήμερα το ΕΚΤΕΠΝ. Αυτό σηματοδοτεί όσα θα ακολουθήσουν στο μέλλον, δηλαδή δε θα κάνει τίποτα άλλο από το να υποθηκεύει από δω και πέρα την υπόθεση της πάλης ενάντια στα ναρκωτικά, στη χώρα μας. Δεδομένου ότι ο καθένας αντιλαμβάνεται ότι δεν μπορεί να λειτουργήσει ούτε η θεραπεία, ούτε η κοινωνική επανένταξη αν δεν υπάρχει έρευνα, πληροφόρηση και αξιολόγηση. Πώς να συντονιστεί όλη αυτή η δράση, πάνω σε ποιο ζήτημα, κάτω από ποιες προϋποθέσεις, με ποιους σκοπούς και στόχους; Δεν απαξιώνεται μόνο το επιστημονικό έργο, αλλά και οι ίδιοι οι εργαζόμενοι. Το έργο δεν έγινε μόνο του, έγινε από ανθρώπους που κατέθεσαν την ψυχή τους εκεί. Και μια πολιτεία που απαξιώνει έτσι το επιστημονικό προσωπικό, τους πολίτες της, είναι μια ανάξια πολιτεία. Αυτό θα πρέπει να είναι η προμετωπίδα των αγώνων μας και γι' αυτό προτείνουμε συντονισμένα από σήμερα, να απαντήσουμε σε αυτές τις λογικές».