Στα χρόνια της Κατοχής, η Ακροναυπλιά άρχισε να αδειάζει. Από το Σεπτέμβρη του 1943, οι κρατούμενοι μεταφέρθηκαν σε άλλους τόπους μαρτυρίου.
Οι περισσότεροι εκτελέστηκαν από τους Ιταλούς και τους Γερμανούς.
-- 4 εκτελέστηκαν το Γενάρη του 1943 στον Πειραιά.
-- 15 εκτελέστηκαν το Μάρτη του 1943 στο στρατόπεδο «Παύλος Μελάς» στη Θεσσαλονίκη.
-- 65 εκτελέστηκαν τον Ιούνη του 1943 στο Κούρνοβο.
-- 10 εκτελέστηκαν το Δεκέμβρη του 1943 στην Αθήνα.
-- 135 από τους 200 που εκτελέστηκαν στην Καισαριανή την Πρωτομαγιά του 1944, με πρώτο τον Ναπολέοντα Σουκατζίδη.
Συνολικά 229 εκτελεσμένοι.