Ολα αυτά τα χρόνια και μέχρι την 1η Σεπτέμβρη 1999, ημέρα επίσημης ενεργοποίησης της νέας δομής του ΝΑΤΟ και συνεπώς λειτουργίας του στρατηγείου της Λάρισας, το εν λόγω στρατηγείο παράμεινε ανενεργό, επειδή δεν καθορίστηκαν τα όρια ευθύνης του στο Αιγαίο, εξαιτίας των τουρκικών διεκδικήσεων, με βάση τις οποίες το Αιγαίο έπρεπε να μοιραστεί στη μέση. Πάγια ελληνική θέση, στα πλαίσια βέβαια του εγκλωβισμού της στη ΝΑΤΟική λογική, ήταν η κάλυψη όλου του ελληνικού εθνικού χώρου από το ΝΑΤΟικό στρατηγείο της Λάρισας.
Τα δεδομένα στο μεταξύ αλλάζουν. Η επιτροπή αμυντικού σχεδιασμού του ΝΑΤΟ, το Δεκέμβρη του 1992, αποφάσισε την κατάργηση της παλιάς δομής. Με βάση τη νέα δομή συγκροτούνται πολυεθνικές, ευέλικτες δυνάμεις ταχείας επέμβασης και καταργούνται οι επιμέρους εθνικές περιοχές επιχειρησιακής ευθύνης, με τη δημιουργία ενός «εύκαμπτου» οργανωτικού σχήματος. Την κύρια ευθύνη την έχει ο ανώτατος ΝΑΤΟικός διοικητής της περιοχής - στην περίπτωση της Νότιας Πτέρυγας ο Αμερικανός διοικητής αεροπορικών δυνάμεων της Νάπολης της Ιταλίας - ενώ στους διοικητές των περιφερειακών στρατηγείων, όπως αυτό της Λάρισας, μένουν περιορισμένες αρμοδιότητες, στα πλαίσια πάντα της ενιαίας περιοχής του διοικητή της Νάπολης της Ιταλίας. Ο διοικητής αυτός μπορεί να μεταβιβάζει τον επιχειρησιακό έλεγχο σε αέρα και θάλασσα και σε περιοχές ακόμα γύρω από τα ελληνικά νησιά, κατά περίπτωση σε Ελληνα και Τούρκο αξιωματικό ή να τον κρατάει ο ίδιος. Αυτό σημαίνει ενιαίο αμυντικό χώρο Ελλάδας - Τουρκίας!
Φτάσαμε λοιπόν στις μέρες μας όπου τώρα ορισμένοι «ανησυχούν» γιατί υποβαθμίζεται το στρατηγείο της Λάρισας καθώς το ΝΑΤΟ κάνει «οικονομίες» και προσανατολίζεται στον περιορισμό των περιφερειακών στρατηγείων. Η ανησυχία τους ωστόσο δεν έχει σχέση με αυτό που ούτως ή άλλως είναι γεγονός, ότι ο έλεγχος του Αιγαίου περνάει σε ΝΑΤΟικά χέρια είτε μέσω Λάρισας είτε μέσω Νάπολης, αλλά γιατί μέσω της υποβάθμισης της Λάρισας υποβαθμίζεται... και ο ρόλος της Ελλάδος στο ΝΑΤΟ.