Στο τέλος κάθε παρουσίασης τα παιδιά συμμετέχουν με δικές τους κατασκευές, όπως η κατασκευή ενός ψηφιδωτού, η συγκόλληση ενός αγγείου, η συγγραφή ενός αυτοκρατορικού εγγράφου. Στο πρόγραμμα συμμετέχουν η Διεύθυνση Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων του ΥΠΠΟ, η 1η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων και το Νομισματικό Μουσείο (πληροφορίες στα τηλ. 7238.178, 7211.027).
Το πρόγραμμα «Μια μέρα στο Βυζαντινό Μουσείο» οργανώνεται δύο φορές το χρόνο με σκοπό την παρουσίαση θεμάτων του Βυζαντινού Πολιτισμού στο ευρύ κοινό. Ωστόσο οι εκπαιδευτικές δραστηριότητες ξεκίνησαν από το 1989 και σήμερα εκτός από το παραπάνω πρόγραμμα βρίσκονται σε εξέλιξη αλλά δύο, με θέμα «Στα χνάρια του Βυζαντινού αγιογράφου» και «Μαζί με το Βυζαντινό αρχιτέκτονα».
Στόχος του Βυζαντινού Μουσείου είναι κάθε περιοδική ή μόνιμη έκθεση να συνοδεύεται και από παράλληλες εκπαιδευτικές δραστηριότητες ή προγράμματα που σκοπό έχουν να στηρίξουν τόσο το ιδιαίτερο περιεχόμενο κάθε έκθεσης αλλά και γενικότερα το ρόλο του Βυζαντινού Μουσείου. Ηδη αυτές οι δραστηριότητες διευρύνονται δεδομένου ότι το Μουσείο βρίσκεται στο στάδιο προετοιμασίας της μόνιμης επανέκθεσης. Η περιοδική έκθεση «Ιεροτελεστία και Πίστη» που εγκαινιάστηκε πρόσφατα, πλαισιώνεται από το ανάλογο πρόγραμμα με καθοδηγούμενη επίσκεψη και έντυπο με τίτλο «Ιεροτελεστία και Πίστη. Για παιδιά και νέους».
Σημειώνεται ότι τα εκπαιδευτικά προγράμματα εκπονούνται από αρχαιολόγους και συντηρητές του Μουσείου ενώ μόνο τους τελευταίους δύο μήνες τα παρακολούθησαν περισσότερα από 1.500 παιδιά που έρχονται είτε μεμονωμένα είτε με σχολεία.