Το νομοσχέδιο περιγράφει την αναδιοργάνωση του συνόλου των υπηρεσιών πρώτης υποδοχής και ασύλου, ενώ προβλέπει τη δραστηριοποίηση των 2.500 υπαλλήλων που αναμένονται από τα κράτη - μέλη της ΕΕ, οι οποίοι θα λειτουργούν υπό τις εντολές των προϊσταμένων των αρχών ασύλου και πρώτης υποδοχής. Προβλέπεται δε η δημιουργία αυτοτελούς Υπηρεσίας Ασύλου που θα λειτουργεί στο υπουργείο Εσωτερικών σε επίπεδο διεύθυνσης και θα έχει την ευθύνη εφαρμογής της νομοθεσίας για την παροχή ασύλου, καθώς και 12 Περιφερειακών Γραφείων Ασύλου σε Αττική, Θεσσαλονίκη, Θράκη, Ηπειρο, Θεσσαλία, Δυτ. Ελλάδα, Κρήτη, Λέσβο, Χίο, Σάμο, Λέρο και Ρόδο. Παράλληλα, θα δημιουργηθούν Κινητά Κλιμάκια Ασύλου που θα αποσταλούν σε περιοχές όπου διαμένουν πρόσφυγες εκτός των οργανωμένων χώρων.

Συστήνεται «Αρχή Προσφυγών» στο υπουργείο Εσωτερικών, που θα εξετάζει τις προσφυγές των προσφύγων και μεταναστών από τριμελείς επιτροπές που θα συσταθούν σε όλη την επικράτεια. Δημιουργείται η Υπηρεσία Υποδοχής και Ταυτοποίησης ως διεύθυνση του υπουργείου Εσωτερικών, η οποία θα υπάγεται στη Γενική Γραμματεία Υποδοχής, που θα αναλάβει τις διαδικασίες καταγραφής και ταυτοποίησης των προσφύγων και μεταναστών που εισέρχονται στη χώρα μέσω των νησιών του Αιγαίου αλλά και την ίδρυση και λειτουργία των δομών προσωρινής υποδοχής και φιλοξενίας σε όλη την επικράτεια. Στη δικαιοδοσία της υπηρεσίας θα ανήκουν τα Κέντρα Υποδοχής και Ταυτοποίησης, οι Κινητές Μονάδες Ταυτοποίησης και οι ανοιχτές δομές Προσωρινής Υποδοχής και Φιλοξενίας στην ηπειρωτική Ελλάδα. Σε κάθε Κέντρο Ταυτοποίησης θα ορίζεται διοικητής και η φύλαξη του χώρου θα είναι στην ευθύνη της Αστυνομίας.

Συστήνεται Γενική Γραμματεία Υποδοχής στο υπουργείο Εσωτερικών και η Γραμματεία Πληθυσμού και Κοινωνικής Συνοχής μετονομάζεται σε Γραμματεία Μεταναστευτικής Πολιτικής. Οι μετανάστες που θα λάβουν πολιτικό άσυλο ύστερα από συνέντευξη και εξέταση των προσωπικών τους στοιχείων θα λάβουν άδεια παραμονής στη χώρα για τρία χρόνια. Για ανθρωπιστικούς λόγους θα χορηγηθούν άδειες διαμονής σε όσους μετανάστες έχουν υποβάλει αίτηση για άσυλο εδώ και πέντε χρόνια και δεν έχουν λάβει απάντηση.

Οι πρόσφυγες και οι μετανάστες που εισέρχονται στα Κέντρα Υποδοχής και Ταυτοποίησης που θα λειτουργούν στα νησιά του Αιγαίου θα τελούν υπό καθεστώς κράτησης και περιορισμού της ελευθερίας τους έως και 25 μέρες. Οι μετανάστες θα έχουν το δικαίωμα να υποβάλουν αντιρρήσεις κατά της απόφασης για περιορισμό της ελευθερίας τους στα διοικητικά δικαστήρια. Αν ύστερα από το χρονικό διάστημα κράτησης δεν έχει ολοκληρωθεί η εξέταση αίτησης του μετανάστη ή του πρόσφυγα, ο νόμος προβλέπει ότι παραλαμβάνει δελτίο αιτούντος διεθνούς προστασίας και μεταφέρεται σε κέντρα φιλοξενίας στην ηπειρωτική Ελλάδα.

Τέλος, σε άρθρο περιγράφεται ότι ασφαλής τρίτη χώρα για έναν πρόσφυγα ή μετανάστη θεωρούνται τα κράτη όπου δεν απειλούνται η ζωή και η ελευθερία λόγω φυλής, θρησκείας, εθνικότητας, συμμετοχής σε ιδιαίτερη κοινωνική ομάδα, ή πολιτικών πεποιθήσεων. Επίσης, οι χώρες που τηρούν την αρχή της μη επαναπροώθησης, ή απαγορεύουν την απομάκρυνση κάποιου σε χώρα όπου κινδυνεύει να υποστεί βασανιστήρια ή σκληρή, απάνθρωπη ή ταπεινωτική μεταχείριση ή τιμωρία, όπως ορίζεται στο διεθνές δίκαιο.