Η ύπαρξη μιας άτυπης - μυστικής ελληνοτουρκικής συμφωνίας υπό αμερικανική εποπτεία για τους κανόνες άσκησης κυριαρχίας στο Αιγαίο, υπό τη μορφή «κώδικα συμπεριφοράς», σε βάρος των ελληνικών κυριαρχικών δικαιωμάτων, αποκαλύπτεται από τα απόρρητα αμερικανικά τηλεγραφήματα που διέρρευσαν από το Wikileaks και αποσπάσματα των οποίων δημοσιεύτηκαν στα χτεσινά «Νέα». Αυτός ο «κώδικας συμπεριφοράς» αναφέρεται κυρίως στις πτήσεις μαχητικών αεροσκαφών και στις τουρκικές υπερπτήσεις πάνω από ελληνικά νησιά, με ειδικές αναφορές στο Αγαθονήσι, στο Φαρμακονήσι αλλά και στον Αϊ - Στράτη.

Αποτελεί δε τη βάση της «αποστρατιωτικοποίησης» των ελληνικών νησιών και γενικότερα της εγκατάλειψης του δικαιώματος άμυνας της χώρας, καθώς η εφαρμογή της αρχής της αμοιβαιότητας και μόνο, δηλαδή να απέχουν από «προκλητικές» ενέργειες τόσο τα τουρκικά όσο και τα ελληνικά μαχητικά, ισοδυναμεί στην ουσία με απαγόρευση πτήσεων ή έστω περιορισμούς στις πτήσεις των ελληνικών μαχητικών πάνω από την ελληνική επικράτεια, με... αντάλλαγμα να μην πετάνε και τα τουρκικά μαχητικά πάνω από ελληνικά νησιά!

Ολα αυτά με τον Τούρκο υπουργό Εξωτερικών, Α. Νταβούτογλου, να δηλώνει στον Αμερικανό πρέσβη στην Αγκυρα, όπως γράφει ο δεύτερος, πως «η κυριαρχία αυτών των "βράχων" (σ.σ. Αγαθονήσι και Φαρμακονήσι) ήταν υπό αμφισβήτηση, όπως τα Ιμια».

Σχετικά με τις πτήσεις, παρότι δεν υπάρχει επίσημη παραδοχή, τα τηλεγραφήματα δείχνουν πως υπάρχει συμφωνία για «χλιαρή» αντιμετώπιση των τουρκικών παραβιάσεων εκ μέρους των ελληνικών μαχητικών. Σύμφωνα με τα αρχεία Wikileaks, το Μάη του 2009, ο Αμερικανός πρέσβης στην Αγκυρα, Τζέιμς Τζέφρι, περιγράφοντας τη συνάντησή του με τον αξιωματούχο του τουρκικού ΥΠΕΞ, υιοθετεί τις τουρκικές θέσεις: «Σχεδόν κάθε φορά που ένα τουρκικό F-16 πετά πάνω από το Αιγαίο, ανεξάρτητα από το ίχνος του, αναχαιτίζεται από ελληνικό F-16. Οταν το τουρκικό αεροσκάφος αναχαιτίζεται, κάνει μανούβρες μάχης και σε αυτό το σημείο μπορεί πια να θεωρηθεί υπεύθυνο για το αν υπερίπταται ελληνικού εδάφους».

Επίσης, γίνεται αναφορά στην πρόταση του Τούρκου αξιωματούχου για την υιοθέτηση «κώδικα συμπεριφοράς» πάνω από το Αιγαίο. Ενα μήνα αργότερα, στις 12 Ιούνη 2009, η Χίλαρι Κλίντον στέλνει εμπιστευτικό τηλεγράφημα σε Αθήνα και Αγκυρα, όπου δίνει οδηγίες στους εκεί Αμερικανούς διπλωμάτες να προβούν σε διάβημα προς την τουρκική κυβέρνηση για τις υπερπτήσεις πάνω από «κατοικημένα ελληνικά νησιά των Δωδεκανήσων» και προς την ελληνική κυβέρνηση να μην τηρούν αμυντική στάση, η οποία «μπορεί να εκληφθεί ως προκλητική και να αυξήσει την πιθανότητα ατυχήματος». Η συνέχεια προφανώς αποτυπώνεται στις εντολές των κυβερνήσεων ΝΔ και ΠΑΣΟΚ προς τους Ελληνες πιλότους, να μην εμπλέκονται σε εικονικές αερομαχίες σε περιπτώσεις παραβιάσεων.