Το απέραντο έργο του Μίκη Θεοδωράκη αντηχεί όλη τη μεγάλη πορεία και τις περιπέτειες του λαϊκού κινήματος του 20ού αιώνα. Ηταν και αυτός μέλος της γενιάς που ανδρώθηκε στην Αντίσταση, που πάλεψε για να έρθουν καλύτερες μέρες στον τόπο μας και γι' αυτή του την απόφαση διώχτηκε, φυλακίστηκε, εξορίστηκε, συνέχισε να παλεύει και να δημιουργεί. Ενα μεγάλο μέρος του ογκώδους έργου του, αλλά και της πλούσιας αγωνιστικής του δράσης, συνέδεσε με τον αντιδικτατορικό αγώνα. Το να τραγουδάς Θεοδωράκη στα χρόνια της χούντας ήταν συνώνυμο μιας πράξης αντίστασης, ενώ εκείνος έβαλε σε όλα τα στόματα τον Ωρωπό, τη Λέρο, την ταράτσα της Μπουμπουλίνας κ.ά. αφήνοντας τραγούδια που λειτουργούν ως ιστορικά ντοκουμέντα και τραγουδιούνται έως τις μέρες μας από τη νέα γενιά.

Το στρατιωτικό πραξικόπημα στις 21 Απρίλη του 1967 βρίσκει τον Θεοδωράκη, πέρα από διεθνώς καταξιωμένο συνθέτη, στο αξίωμα του βουλευτή της ΕΔΑ και στη θέση του προέδρου της Δημοκρατικής Νεολαίας Λαμπράκη. Λίγους μήνες πριν, την προηγούμενη χρονιά είχε βγάλει κάποιους από τους πιο εμβληματικούς δίσκους του, όπως τη «Ρωμιοσύνη», το «Μαουτχάουζεν» και το «Ενας όμηρος», είχε οργανώσει μεγάλη περιοδεία με συναυλίες στη Σοβιετική Ενωση, προσφέροντας τη μουσική του σαν θείο δώρο στους πολιτικούς πρόσφυγες, είχε παραστεί ως μάρτυρας κατηγορίας στη δίκη για τη δολοφονία του Γρηγόρη Λαμπράκη καταγγέλλοντας ότι ήταν πολιτικό έγκλημα...

Οταν τα τανκς βγήκαν στους δρόμους, για τον Μίκη ήταν αυτονόητο ότι βγαίνει στην παρανομία.

Από τα σπίτια όπου κρύβεται, από τις πρώτες ώρες, τις πρώτες μέρες, κάνει αλλεπάλληλες εκκλήσεις στον λαό για αντίσταση: «Οργανωθείτε, παλαίψτε και αντισταθείτε στη δικτατορική χολέρα. Λαέ της Αθήνας! Εβγα στους δρόμους»... «Ο ελληνικός λαός τους έχει καταδικάσει. Το τέλος τους, που δε θ' αργήσει, θα είναι το τέλος που επιφυλάσσουν οι ελεύθεροι λαοί στους τυράννους τους»... Ενώ μαζί με άλλους Λαμπράκηδες που διέφυγαν τη σύλληψη συγκροτεί το «Πατριωτικό Αντιδικτατορικό Μέτωπο» (ΠΑΜ).

Τον Ιούνη του '67 με ειδική διαταγή του αρχηγού του Γενικού Επιτελείου Στρατού απαγορεύονται όλες οι ραδιοφωνικές μεταδόσεις των τραγουδιών του Θεοδωράκη, η κυκλοφορία των δίσκων του, κάθε είδους εκτέλεση, ακόμα και ακρόαση:

«1) Απεφασίσαμεν και διατάσσομεν τα ακόλουθα, ισχύοντα δια ολόκληρον την επικράτειαν: Απαγορεύεται: α) η ανατύπωσις ή η εκτέλεσις της μουσικής και των ασμάτων του κομμουνιστού συνθέτου Μίκη Θεοδωράκη, τέως αρχηγού της νυν διαλυθείσης κομμουνιστικής οργανώσεως "Νεολαία Λαμπράκη", δεδομένου ότι η εν λόγω μουσική εξυπηρετεί τον κομμουνισμόν β) το άδειν άπαντα τα άσματα, τα χρησιμοποιούμενα υπό της κινήσεως της κομμουνιστικής νεολαίας, διαλυθείσης δυνάμει της παραγράφου 8 του διατάγματος της 6ης Μαΐου 1967, δοθέντος ότι τα εν λόγω άσματα υποκινούν πάθη και διενέξεις εις τους κόλπους του πληθυσμού. 2) Οι παραβαίνοντες την ως άνω διαταγήν πολίται θα πρέπει να παραπέμπονται αμέσως ενώπιον στρατοδικείων και θα δικάζωνται συμφώνως προς τας διατάξεις της εκτάκτου νομοθεσίας».

Τελικά, συλλαμβάνεται στις 21 Αυγούστου του 1967. Πρώτος σταθμός το γνωστό από το τραγούδι του, «Σφαγείο», κτίριο της Ασφάλειας στην οδό Μπουμπουλίνας. «Με την πλάτη κολλημένη στον τοίχο, περιμένοντας από στιγμή σε στιγμή να με πάρουν για το μαρτύριο ή για την εκτέλεση. Ολη μου η ύπαρξη σημαδεύτηκε από την αναμονή του βέβαιου θανάτου», περιγράφει ο ίδιος. Εκεί, ανάμεσα σε συνθήκες απόλυτης απομόνωσης και τρομερών βασανιστηρίων συνθέτει το σπουδαίο έργο: «Ο Ηλιος και ο Χρόνος», που παρουσιάστηκε και ηχογραφήθηκε αργότερα (1971) στο Παρίσι. Το συνέθεσε σε ένα κομμάτι χαρτί που του φέρανε μετά από πολλές μέρες απομόνωσης στο κελί του.

Τον Οκτώβρη κάνει απεργία πείνας πιέζοντας για καλύτερες συνθήκες κράτησης και μεταφέρεται, τελικά, στις φυλακές Αβέρωφ, στη λεωφόρο Αλεξάνδρας. Εκεί γράφει «Το Μυθιστόρημα» και τα «Επιφάνεια-Αβέρωφ» σε ποίηση του Γιώργου Σεφέρη. Τον Γενάρη του 1968 αφήνεται ελεύθερος, όμως ομάδες αστυνομικών δεν τον αφήνουν λεπτό από τα μάτια τους, παρακολουθούν κάθε του κίνηση.

Την άνοιξη του 1968 τίθεται σε κατ' οίκον περιορισμό στο σπίτι του στο Βραχάτι. «Το χαρακτηριστικό είναι ότι παρ' ότι υπήρχε παρακολούθηση, πάρα πολλοί νέοι έρχονταν κρυφά μέσα στο κτήμα κι άκουγαν τα τραγούδια, τα έπαιρναν και σε μαγνητόφωνο και στη συνέχεια έφευγαν. Αλλά πολλούς από αυτούς τους έπιαναν. Αλλά πάντως έρχονταν κάθε τόσο», διηγείται. Την περίοδο αυτή συνθέτει πολλά αγαπημένα και πολυτραγουδισμένα έργα του, όπως τα «Τραγούδια του Ανδρέα», τη «Νύχτα Θανάτου» και τα «Λαϊκά» σε στίχους του Μάνου Ελευθερίου, ενώ συνθέτει και την πολύ σπουδαία «Κατάσταση Πολιορκίας» σε ποίηση της Ρένας Χατζηδάκη. Ωσπου τον Αύγουστο του περιορίζουν το δικαίωμα να βγει από το σπίτι του και να δεχτεί επισκέψεις.

Οι χουντικοί φοβούνται μήπως αποδράσει ο Μίκης και έτσι αποφασίζουν να εξοριστεί σε πιο «ασφαλές» μέρος, την απομακρυσμένη Ζάτουνα Αρκαδίας. Τη φύλαξή του αναλαμβάνει μια διμοιρία χωροφυλάκων. Του επιτρέπουν να βγει μόνο για 4 ώρες τη μέρα, πάντα, φυσικά, με συνοδεία της αστυνομίας. Δεν επιτρέπεται να επικοινωνεί με τον κόσμο, να διατηρεί αλληλογραφία, να διαβάζει βιβλία και περιοδικά. Ομως και σε αυτές τις συνθήκες δημιουργεί. Με αυτόν τον τρόπο δείχνει ότι δεν έχει σταματήσει να ζει, να ονειρεύεται, να παλεύει. Σε αυτό το χωριό συνέθεσε 11 κύκλους τραγουδιών με τον τίτλο «Αρκαδίες», τη μουσική της ταινίας «Ζ» του Κώστα Γαβρά, το «Πνευματικό Εμβατήριο», το τραγούδι «Οταν χτυπήσεις δυο φορές» για τον Αλέκο Παναγούλη κ.ά. Οι αστυνομικοί γίνονται το... κοινό που ακούει για πρώτη φορά αυτές τις μελωδίες του Μίκη. Και βέβαια, παρά τις απαγορεύσεις, με διάφορους τρόπους καταφέρνει να στέλνει μαγνητοταινίες με τα καινούργια έργα του στο εξωτερικό. Εκεί όπου είχαν καταφέρει λίγους μήνες μετά το πραξικόπημα να βγουν η Μαρία Φαραντούρη και ο Αντώνης Καλογιάννης με τη λαϊκή Ορχήστρα του, υπό τη διεύθυνση του Γιάννη Διδίλη και έστησαν το «γκρουπ» του Θεοδωράκη και με αυτό γυρίσανε την Ευρώπη δίνοντας συναυλίες και κινητοποιώντας τη διεθνή κοινή γνώμη κατά της χούντας και υπέρ της απελευθέρωσης του συνθέτη. Τα έργα του, λοιπόν, και τα νέα που γράφει, μεταδίδονται από ξένους σταθμούς και ακούγονται στην Ελλάδα.

Σε μήνυμά του από τη Ζάτουνα, που μεταδόθηκε από τον ραδιοφωνικό σταθμό της Μόσχας και σώζεται στο Αρχείο του ΚΚΕ, διαβάζουμε: «Σαν πνευματικός δημιουργός επιτελώντας το λαϊκό λειτούργημά μου συνέθεσα και εδώ στη Ζάτουνα έξι κύκλους τραγουδιών, που τους ονομάζω "Αρκαδίες". Αυτά τα τραγούδια που γράφω τώρα όπως εκείνα που θα γράψω και αύριο είναι αφιερωμένα σε σας, δηλαδή σε όλους τους ανθρώπους που πιστεύουν στον άνθρωπο, που πιστεύουν στη ζωή, στο δίκιο, στη δημοκρατία και την ελευθερία και που έχουν τάξει σκοπό της ζωής τους τον αγώνα για την υπεράσπισή τους. Αφιερώνονται ιδιαίτερα στους Ελληνες αγωνιστές της ελευθερίας και τους ξένους φίλους του λαού μας που μας συμπαραστέκονται στον δύσκολο αγώνα μας». Και ολοκληρώνει τον χαιρετισμό του λέγοντας: «Δεν υπάρχει άλλος δρόμος από τον ανελέητο αγώνα έως την τελική νίκη. Κι ας μην ξεχνάμε ποτέ ότι η λευτεριά δε χαρίζεται, η λευτεριά κερδίζεται. Γεια χαρά».

Τον Οκτώβρη του 1969 μεταφέρεται από τη Ζάτουνα και φυλακίζεται στο στρατόπεδο Ωρωπού. Γράφει και εκεί. Είναι γνωστή η ιστορία για το τραγούδι «Διότι δεν συνεμορφώθην», που ο Θεοδωράκης είπε στον διοικητή ότι μπορεί να πάρει τα πνευματικά δικαιώματα, γιατί ο πρώτος στίχος ήταν δικός του... Τα τραγούδια του, μουσική βιωματική, φέρνουν στα χείλη των ανθρώπων την ασίγαστη πάλη που δίνουν αγωνιστές, κομμουνιστές στις εξορίες, στις φυλακές, στα κρατητήρια, απέναντι στα βασανιστήρια και τις στερήσεις. Και δίνουν ελπίδα... «Τα καλύτερά μας χρόνια - θάλασσα πλατιά, μες στο σύρμα τα περνάμε - μάνα μου γλυκιά, για ένα όνειρο, μια ιδέα, χίλιες μέρες, χίλιες νύχτες, χίλιους αναστεναγμούς. Τους εχθρούς του πάλι ο λαός, θα σαρώσει σαν άγριος ποταμός», γράφει τον Φλεβάρη του 1970...

Την ίδια περίοδο καλλιτέχνες από όλο τον κόσμο, όπως ο Ντμίτρι Σοστακόβιτς, ο Αράμ Χατσατουριάν, ο Λέοναρντ Μπερνστάιν, ο Αρθουρ Μίλερ, ο Εντουαρτ Αλμπι κ.ά. ζητούν την απελευθέρωσή του.

Οπως διηγείται ο ίδιος, «την άνοιξη του 1970 παρουσίασα ανησυχητικά συμπτώματα στην υγεία μου, γεγονός που έβαλε σε σκέψεις τους δεσμοφύλακές μου και τη Χούντα». Αποτέλεσμα ήταν η μεταφορά του στο νοσοκομείο «Σωτηρία». Από εκεί στις 13 Απρίλη, φυγαδεύεται και μεταφέρεται από τον Γάλλο πολιτικό Jean Jacques Servan-Schreiber με ιδιωτικό αεροπλάνο στο αεροδρόμιο Bourget του Παρισιού. Ο Σερβάν Σρεμπέρ είχε έρθει στην Ελλάδα με στόχο να αποτρέψει τη θανατική καταδίκη του Σάκη Καράγιωργα που δικαζόταν στο στρατοδικείο και αν είναι δυνατόν να τον πάρει έξω. Ομως οι στρατοδίκες καταδίκασαν τον Καράγιωργα σε ισόβια, οπότε άλλαξε το σχέδιό του και φυγάδευσε τον Θεοδωράκη, αφού κατάφερε να πείσει τους χουντικούς.

Από το Παρίσι, ο Θεοδωράκης συνεχίζει στο εξωτερικό τον μεγάλο αγώνα κατά της χούντας. Στις 29 Απρίλη δίνει συνέντευξη Τύπου στο Quai d' Orsais στο Παρίσι, όπου συμμετείχαν 700 δημοσιογράφοι απ' όλα τα μέρη του κόσμου και καλεί σε «ανάπτυξη της αντιστασιακής πάλης με όλα τα πρόσφορα σε κάθε στάδιο μέσα ως τη συντριβή της χούντας».

Παρουσιάζει τα έργα που είχε συνθέσει κατά το διάστημα της παρανομίας, της φυλακής και της εξορίας σε αμέτρητες συναυλίες σε όλο τον κόσμο, αφιερωμένες στον αντιδικτατορικό αγώνα. Συνθέτει επίσης μουσική για τον κινηματογράφο και το θέατρο.

Το καλοκαίρι του '70 του απονέμεται το παράσημο Λένιν της Κομσομόλ, ενώ λίγο αργότερα, το 1971 συνθέτει και το μεγαλειώδες «Κάντο Χενεράλ» σε ποίηση Πάμπλο Νερούδα.

Οι συναυλίες του στην Ευρώπη, στην Αυστραλία, στη Βόρεια και Νότια Αμερική, σε πολλές δεκάδες χώρες, γίνονται βήμα διαμαρτυρίας και διεκδίκησης και για άλλους λαούς που υποφέρουν από παρόμοια προβλήματα και αγωνίζονται, όπως Ισπανούς, Πορτογάλους, Τούρκους, Χιλιανούς, Παλαιστίνιους...

Στις 24 Ιούλη του 1974 ο Μίκης Θεοδωράκης επιστρέφει στην Ελλάδα. Ο λαός τού επιφυλάσσει θριαμβευτική υποδοχή στην Αθήνα, με μαζική λαϊκή συγκέντρωση στο αεροδρόμιο του Ελληνικού.