Ο τρόπος που γίνονται αυτές οι εργασίες, έχει συναντήσει αντιδράσεις από μέρος της επιστημονικής κοινότητας, των τοπικών φορέων και του δήμου, οι οποίοι υποστηρίζουν, ότι τα υλικά που χρησιμοποιούνται δεν συνάδουν με το μνημείο.

Παρέμβαση για το θέμα έκανε με ανακοίνωσή του και το ελληνικό τμήμα του ICOMOS (Διεθνές Συμβούλιο Μνημείων και Τοποθεσιών) το οποίο εκφράζει την «έντονη ανησυχία» του για τις εργασίες στο θέατρο. Συγκεκριμένα αναφέρει, ότι «η αρχαία ύλη που χάνεται λόγω των εργασιών είναι τεράστια», «η αναστηλωτική επέμβαση μπορεί να νοηθεί μόνον ως μερική συμπλήρωση του θεάτρου για στατικούς, μορφολογικούς κλπ. λόγους» αλλά «στην περίπτωση του θεάτρου της Δωδώνης συμβαίνει το αντίθετο: Διατηρούνται νησίδες αρχαίας ύλης, πνιγμένες σε απίστευτες ποσότητες τσιμέντου».

Προσθέτει πως «στον τοπικό Τύπο μάλιστα ο πρόεδρος της Επιτροπής Δωδώνης δήλωσε: "Ισως όταν κάποιος το βλέπει στην αρχή, πριν την επεξεργασία, να νομίζει ότι πρόκειται να παραμείνει έτσι. Ισως επηρεάζει το χρώμα που είναι λευκό. Μετά την επεξεργασία όμως θα βαφτεί σε γκρίζο χρώμα ώστε να ταιριάζει με τη φυσική πέτρα από την οποία είναι φτιαγμένο το θέατρο". Με το θέατρο της Δωδώνης έχουν ασχοληθεί κατά διαστήματα διεθνούς κύρους διακεκριμένοι επιστήμονες, ορισμένοι από τους οποίους διατύπωσαν επιφυλάξεις ή και διαφώνησαν με τη συγκεκριμένη επέμβαση. Για το λόγο αυτό άλλωστε ο Δήμος Δωδώνης έλαβε την πρωτοβουλία σύγκλησης επιστημονικού συνεδρίου με συναφή θεματολογία το προσεχές Φθινόπωρο».

Το ICOMOS ζητά «να σταματήσει άμεσα η κακοποίηση του θεάτρου της Δωδώνης, με επεμβάσεις οι οποίες αντίκεινται προς τις αρχές της Χάρτας της Βενετίας. Το υπουργείο Πολιτισμού να αναθέσει τον περαιτέρω χειρισμό του θέματος σε επιστήμονες κύρους, συμπεριλαμβανομένων των μελών της Πανεπιστημιακής κοινότητας Ιωαννίνων (οι οποίοι και ανασκάπτουν στη Δωδώνη), προκειμένου να αντιμετωπιστεί το θέατρο όπως αρμόζει στην αξία του ως πολιτιστικό αγαθό και σύμφωνα με τις δόκιμες και διεθνείς αποδεκτές αρχές προστασίας».

Το ΚΚΕ έχει φέρει το θέμα στη Βουλή ήδη από το 1997 ζητώντας από το ΥΠΠΟ να χρηματοδοτήσει άμεσα τη σωτηρία του μνημείου. Το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο άρχισε να εγκρίνει μελέτες μόλις το 2002, αλλά το 2006 διαπίστωνε ότι το μάρμαρο έχει εξελικτική φθορά, ενώ οι υπάρχουσες ρωγμές εντείνουν τα σπασίματα, τα οποία, στην κερκίδα α' π.χ. θα φτάσουν το 20% τα επόμενα χρόνια. Επιπλέον, το 70% των λίθων θα μετατραπούν σε χαλίκι μέσα στην επόμενη 20ετία.

Το Νοέμβρη του 2008 ο πρώην υπουργός Πολιτισμού, Μιχ. Λιάπης υποσχέθηκε 7 εκατ. ευρώ για τα έργα, τα οποία «επιβεβαίωσε» και ο νυν υπουργός, Αντ. Σαμαράς, την περασμένη Ανοιξη. Πέρυσι οι κάτοικοι κινητοποιήθηκαν με αίτημα την έναρξη των εργασιών, ενώ τον ερχόμενο Σεπτέμβρη ο Δήμος διοργανώνει διημερίδα για το θέμα.