Με αυτή την αφορμή και ύστερα από πληροφορίες κατοίκων της περιοχής πραγματοποιήθηκε υποβρύχιος αρχαιολογικός έλεγχος, με αποτέλεσμα, στα βορειοανατολικά του νησιού, να εντοπιστεί φορτίο ναυαγίου με αμφορείς του 3ου αι. π.Χ. Το ναυάγιο, σε βάθος από 25 μέχρι 40 μέτρα σε επικλινή πυθμένα, διατηρείται σε αρκετά καλή κατάσταση, αν και παρουσιάζει ίχνη μερικής σύλησής του. Στα ανατολικά της Σάμου εντοπίστηκαν, επίσης, σε πολύ μικρό βάθος στο βραχώδη πυθμένα τμήματα αμφορέων και κεράμων από φορτίο αρχαίου ναυαγίου, αχρονολόγητου ακόμα. Ανάλογος έλεγχος πραγματοποιήθηκε και σε δύο σημεία στη νότια Σάμο, όπου εντοπίστηκαν μεμονωμένα όστρακα και τμήματα αμφορέων από τυχαίες απορρίψεις.
Επίσης, ο υποβρύχιος αρχαιολογικός έλεγχος στην περιοχή του Κοκκαρίου εντόπισε κτιριακά κατάλοιπα βυζαντινών χρόνων, στην περιοχή του Αγ. Νικολάου. Τέλος, από την εκβάθυνση του λιμένα Πυθαγορείου, που βρίσκεται σε εξέλιξη, ανελκύστηκαν τμήματα αγγείων διαφόρων χρονολογικών και γεωγραφικών προελεύσεων που δείχνουν τη συνεχή χρήση της λιμενικής θέσης. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν τμήματα μελανόβαφων αγγείων κλασικών χρόνων, στα οποία υπάρχουν εγχάρακτα γράμματα και παραστάσεις υψηλής τέχνης.