Ο φωτισμός του τρόπου με τον οποίο εκδηλώνεται στον εγκέφαλο το συναίσθημα του φόβου - ίσως το πιο πρωτόγονο και μακρόβιο απ' όλα τα συναισθήματα - φαίνεται να είναι από τις πιο ενδιαφέρουσες και διδακτικές αναζητήσεις στην ιστορία της σύγχρονης νευροφυσιολογίας. Διαπιστώθηκε ότι ο φόβος παίζει παιχνίδια με τη μνήμη μας και την αντίληψη της πραγματικότητας. Οτι τα συστήματα που σχετίζονται με το φόβο έχουν τα δικά τους κανάλια και το εξειδικευμένο γι' αυτά κύκλωμα αποθήκευσης τραυματικών εμπειριών. Καθώς οι επιστήμονες χαρτογραφούν τα μονοπάτια του φόβου μέσα στον εγκέφαλο, έχουν αρχίσει να διερευνούν τρόπους, για να μειώσουν την επίδρασή του στο γενικότερο ψυχισμό του ατόμου, ώστε π.χ. να εμποδίσουν τις μνήμες ενός τροχαίου ατυχήματος από το να μας κατατρέχουν μήνες μετά.

Επειδή το «πάγωμα» από φόβο είναι μια αντίδραση που μπορεί να έχει άμεση επίπτωση στον αγώνα για την επιβίωση, δεν είναι παράξενο που ο εγκέφαλος περιέχει ειδικούς μηχανισμούς αφιερωμένους ακριβώς σ' αυτή την αντίδραση. Το γεγονός ότι η βασική αρχιτεκτονική της αμυγδαλής συναντάται σε τόσα πολλά είδη αποδεικνύει την εξελικτική αξία της. Βέβαια, η συνέχιση της ύπαρξής της σε έναν κόσμο όπου ο άνθρωπος ουσιαστικά δεν κινδυνεύει πια από τα άλλα ζώα (εκτός από ορισμένα δίποδα), δεν είναι η καλύτερη προσαρμογή. Είναι απλώς το τίμημα της εξελικτικής πορείας που οδήγησε σε ένα περιβάλλον, στο οποίο κάποιες ικανότητές μας ξεπεράστηκαν. Ομως, όσο κι αν εξελιχτεί ο φλοιός του εγκεφάλου δεν μπορεί να αποκόψει την αμυγδαλή και τα έντονα συναισθήματα που πυροδοτούνται απ' αυτή. Δεν είμαστε σκλάβοι των συναισθημάτων μας, αλλά δεν μπορούμε και να τα εξαφανίσουμε.

Σκοπός των περισσότερων ερευνητών είναι να συμβάλουν στην κατανόηση της γενικότερης λειτουργίας του εγκεφάλου και στο ξεπέρασμα των μετατραυματικών συνδρόμων που παρουσιάζουν πολλά θύματα βίαιων συμβάντων σε καιρό ειρήνης. Βεβαίως, τις έρευνες των νευροφυσιολόγων παρακολουθούν και συχνά χρηματοδοτούν άμεσα ή έμμεσα το Πεντάγωνο και η κυβέρνηση των ΗΠΑ. Ο υπερστρατιώτης της «αμερικάνικης εποχής» του πλανήτη Γη πρέπει να μπορεί να ξεπερνά, έστω και κατά ένα μέρος, τους φόβους του. Να θυμάται όσο γίνεται λιγότερο τη φρίκη που προκάλεσε. Η σχετική φαρμακευτική αγωγή που ίσως προκύψει, μάλλον δε θα δίνεται στα θύματα, γιατί αυτοί πρέπει να θυμούνται για να φοβούνται. Αλλωστε ο μικρός Αλί με τα κομμένα χέρια και το καμένο σώμα θα είχε να τους θυμάται, ακόμα κι αν τον έκαναν να ξεχάσει την ορφάνια που του προκάλεσαν.

Η αμυγδαλή, που διευθύνει την κίνηση των σημάτων στον εγκέφαλο όταν ελλοχεύει ο κίνδυνος, λαμβάνει γρήγορες και πρόχειρες πληροφορίες απευθείας από το θάλαμο, μέσω μιας διαδρομής που ονομάζεται «ο κάτω δρόμος». Αυτή η συντόμευση επιτρέπει στον εγκέφαλο να αρχίσει να αντιδρά στην απειλή μέσα σε χιλιοστά του δευτερολέπτου. Η αμυγδαλή λαμβάνει επίσης πληροφορίες από τον «πάνω δρόμο» μέσω του οπτικού φλοιού. Αν και ο «πάνω δρόμος» εμπεριέχει πολύ πιο λεπτομερείς και εξειδικευμένες πληροφορίες, το επιπλέον βήμα που απαιτεί διαρκεί το διπλάσιο χρόνο και ίσως σημαίνει τη διαφορά ανάμεσα στη ζωή και στο θάνατο. Η ύπαρξη δύο διαφορετικών δρόμων ίσως βρίσκεται στη βάση μερικών διαταραχών. Σύμφωνα με τον νευροφυσιολόγο Τζ. Λε Ντου: «Για την επιβίωση είναι προτιμότερο να νομίσεις ένα ραβδί για φίδι, αλλά οι άνθρωποι με παθολογικές φοβίες μπορεί να αντιμετωπίζουν τα ραβδιά σαν φίδια υπερβολικά συχνά».