Στην κλασική σύναψη μεταξύ δύο νευρώνων οι πρωτεΐνες προσκόλλησης συγκρατούν τις μεμβράνες των δύο αλληλεπιδρώντων κυττάρων κοντά τη μια στην άλλη. Οταν ο πρώτος νευρώνας ερεθιστεί, πακέτα από μόρια νευροδιαβιβαστών μετακινούνται προς τη μεμβράνη, για να απελευθερώσουν το περιεχόμενό τους, το οποίο στη συνέχεια ταξιδεύει ως τους υποδοχείς στο δεύτερο νευρώνα. Σε μια ανοσολογική σύναψη, τα μόρια προσκόλλησης επίσης συγκρατούν τις κυτταρικές μεμβράνες τη μια κοντά στην άλλη, καθώς οι άλλες πρωτεΐνες αλληλεπιδρούν. Σ' αυτό το παράδειγμα, τα μόρια του μεγάλου συμπλέγματος ιστοσυμβατότητας (MHC) σε ένα κύτταρο τύπου B εμφανίζουν τμήματα πρωτεΐνης που ονομάζονται αντιγόνα στους υποδοχείς ενός κυττάρου τύπου T. Οι πρωτεΐνες CD45, που συνήθως καταστέλλουν τα χημικά σήματα διοχετεύονται στην περιφέρεια της σύναψης. Αν δει κανείς τις δομές της σύναψης όπως θα φαίνονταν μέσα από ένα από τα δύο κύτταρα, τότε θα έμοιαζαν σαν στόχος (ομόκεντροι κύκλοι).
Η ικανότητα να ανταλλάσσουν χημικά σήματα με κάποιο συγκεκριμένο γείτονά τους είναι σημαντική για τα κύτταρα του ανοσοποιητικού. Αντίθετα, με τους νευρώνες, που σχηματίζουν συνήθως σταθερές διασυνδέσεις, τα ανοσοκύτταρα κάνουν φευγαλέες επαφές, καθώς διατρέχουν συνεχώς τον οργανισμό, αναζητώντας δείγματα ασθένειας και ανταλλάσσουν πληροφορίες για υπάρχοντες κινδύνους. Οταν ένα ανοσοκύτταρο συναντήσει ένα άλλο, ίσως έχει μόνο ένα - δυο λεπτά στη διάθεσή του για να αποφασίσει αν πρόκειται για υγιές κύτταρο ή όχι. Αν είναι άρρωστο, τότε είτε θα το σκοτώσει αμέσως, είτε θα σημάνει χημικό συναγερμό για να το συνδράμουν και άλλα ανοσοκύτταρα που αντιμετωπίζουν τέτοιου είδους άρρωστα κύτταρα. Αν η επικοινωνία δε γίνει σωστά, τότε τα κύτταρα του ανοσοποιητικού μπορεί να επιτεθούν σε υγιή κύτταρα, όπως συμβαίνει στις ασθένειες του ανοσοποιητικού (π.χ. σκλήρυνση κατά πλάκας), ή να επιτρέψουν σε καρκινικά κύτταρα να αναπαράγονται ανεξέλεγκτα. Είναι προφανές ότι οι ανοσολόγοι έχουν μεγάλο ενδιαφέρον να κατανοήσουν όχι μόνο ποια κύτταρα συμμετέχουν σ' αυτούς τους «διαλόγους», αλλά και πώς αλληλεπιδρούν για να επιτρέψουν τέτοιες κρίσιμες «αποφάσεις».
Νέες υποθέσεις γεννήθηκαν στο γόνιμο έδαφος που δημιουργήθηκε και είναι σε εξέλιξη οι απαραίτητες έρευνες για την επιβεβαίωση ή τη διάψευσή τους. Αποδεικνύεται ότι το ανοσοποιητικό σύστημα είναι ένα πολύπλοκο δίκτυο ανταλλαγής πληροφοριών, που μοιάζει πολύ περισσότερο στο νευρικό σύστημα απ' ό,τι θεωρούνταν μέχρι χτες.
Η χρήση της ορολογίας των συνάψεων για την περιγραφή των ανοσολογικών αλληλεπιδράσεων έχει ενθαρρύνει τους επιστήμονες του κλάδου αυτού και τους επιστήμονες που ασχολούνται με το νευρικό δίκτυο να μελετούν οι μεν τις εξελίξεις στον τομέα των δε, καθώς διαπιστώνεται ότι τα δύο είδη συνάψεων χρησιμοποιούν αρκετές κοινές πρωτεΐνες. Για παράδειγμα, η πρωτεΐνη αγκρίνη, που συγκρατεί άλλες πρωτεΐνες στις συνάψεις των νεύρων πάνω στους μύες, παίζει ανάλογο ρόλο και στις ανοσοποιητικές συνάψεις. Αλλά και ο νευροδιαβιβαστής νευροπιλίνη-1, που χρησιμοποιείται για τη μεταβίβαση πληροφοριών από ένα νευρώνα σε έναν άλλο, εμφανίζεται και στις συνάψεις των κυττάρων του ανοσοποιητικού.
Πρόσφατα ανακαλύφθηκαν μακριοί σωλήνες διαμέτρου νανόμετρων φτιαγμένοι από κυτταρική μεμβράνη που συνδέουν σχετικά απομακρυσμένα κύτταρα του ανοσοποιητικού - και όχι μόνο - συστήματος. Αν και έχει παρατηρηθεί η διακίνηση πρωτεϊνών και ιόντων ασβεστίου μέσα από αυτούς τους νανοσωλήνες, ο ρόλος τους δεν έχει εξακριβωθεί πλήρως. Η βαθύτερη μελέτη του ανοσοποιητικού μπορεί να αποκαλύψει περισσότερες πτυχές του δικτύου επικοινωνίας που χρησιμοποιεί. Ενας ολόκληρος νέος τομέας είναι η παρατήρηση των κυττάρων του ανοσοποιητικού καθώς κινούνται μέσα στο σώμα, αντί κάτω από το μικροσκόπιο.
Η μέθοδος της επιστημονικής παρατήρησης επιβεβαίωσε, για άλλη μια φορά, την αξία της, καθώς το μεγαλύτερο μέρος των νέων ανακαλύψεων στην ανοσολογία έγινε κυρίως αξιοποιώντας τα νέα μέσα παρατήρησης του βιολογικού μικρόκοσμου που τέθηκαν στη διάθεση των επιστημόνων του κλάδου, χάρη στην τεχνολογική πρόοδο και τις εξελίξεις σε άλλες επιστήμες.