Εκεί που άλλοτε ήταν η λαμπρή ελληνιστική πόλη της Κω και εκεί που αναπτύχθηκε η ρωμαϊκή πόλη βρίσκεται το μεγάλο Παλαιοχριστιανικό Βαπτιστήριο του Αγίου Ιωάννη. Μόλις λίγα μέτρα από το ρωμαϊκό Decumanus, τη μεγάλη ρωμαϊκή οδό, όπου εκατέρωθεν ήταν χτισμένα μεγάλα δημόσια κτίρια. Μπορεί δύο σεισμοί, το 141 μ.Χ. και το 469 μ.Χ. να κατέστρεψαν ολοσχερώς την πόλη, όμως και στις δύο περιπτώσεις ακολουθούσαν ανοικοδομήσεις δίχως να χάνεται ούτε ο βασικός πολεοδομικός ιστός, αλλά ούτε και η αίγλη της πόλης. Δεν είναι τυχαίο που από τότε η Κως ήταν το θέρετρο της εποχής για ευκατάστατους και αυτοκράτορες.

Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική, στην οποία ανήκει το Βαπτιστήριο είναι κτίσμα χρόνων ακμής και αυτό αποδεικνύεται από το μέγεθος και την τυπολογία των δύο μνημείων. Από τη Βασιλική δεν έχουν διασωθεί παρά ελάχιστα ίχνη, αλλά το Βαπτιστήριο, που σώζει και την ανωδομή του, αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα χριστιανικά μνημεία με αυτή τη χρήση. Ο αρχιτέκτονας της Διεύθυνσης Αναστήλωσης Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων, Αρης Ποζιόπουλος που εκπονεί τη μελέτη Τεκμηρίωσης και Αποκατάστασης του μνημείου σημειώνει εκείνα στα στοιχεία που προσδίδουν στο Βαπτιστήριο εξέχουσα σημασία «πρόκειται για ένα από τα μεγαλύτερα βαπτιστήρια που σώζονται στην Ελλάδα. Στα Δωδεκάνησα, το μόνο βαπτιστήριο παρόμοιων διαστάσεων είναι αυτό της Μεγάλης Βασιλικής. Η σύνθετη και περίτεχνη μορφή του το διαχωρίζει από όλα τα άλλα που εμφανίζονται απλούστερα και λιτά. Και, τέλος, το γεγονός ότι διασώζει στο σύνολό της την ανωδομή και τη θολοδομία». Αλλά και η τυπολογία του, αν και εμφανίζει τον τυπικό κυκλικό εξωτερικά και οκταγωνικό χαρακτήρα, φέρει ιδιαίτερα και σπάνια στοιχεία όπως «το οκτάγωνο αναφέρεται μόνο νοητά με τη διάταξη των κιόνων και στον εσωτερικό χώρο δεν υπάρχει καμία ευθεία και καμία επίπεδη επιφάνεια εκτός από δάπεδο. Ο εσωτερικός χώρος σχηματίζεται από την αλληλοτομία κυλινδρικών, σφαιρικών και κωνικών επιφανειών. Στοιχεία που συνθέτουν μια ενδιαφέρουσα γεωμετρία του εσωτερικού χώρου».

Ο μελετητής βρίσκει πολλές ομοιότητες με το Βαπτιστήριο της Μιλήτου και συμπεραίνει ότι αυτό της Κω ίσως αντιγράφει το πρώτο, ενώ δύο άλλα Βαπτιστήρια του νησιού πιθανόν αποτελούν μιμήσεις του Βαπτιστηρίου του Αγίου Ιωάννη, εκείνου στη θέση Καπαμάς και το Βαπτιστήριο της Βασιλικής του Λιμένος στην πόλη της Κω. Σημειώνει, επίσης, ότι πολύ κοντά στο Βαπτιστήριο του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται και δεύτερη μεγάλη βασιλική. Δηλαδή, ένα σύνολο μεγαλόπρεπων χριστιανικών μνημείων που μαρτυρούν μια ανθούσα και ισχυρή χριστιανική κοινότητα, που όμως μέχρι σήμερα έχει πολύ λίγο μελετηθεί η σημασία της και η θέση της στο χριστιανικό κόσμο που τότε αναπτυσσόταν.

Η Βασιλική του Αγίου Ιωάννη κατέρρευσε με το μεγάλο σεισμό του 554 μ.Χ. και μαζί ερειπώθηκε η πόλη της Κω. Αλλά το Βαπτιστήριο άντεξε. Από κει και έπειτα η Κως, αν και ανοικοδομείται, εντούτοις παρακμάζει. Το Βαπτιστήριο σύμφωνα με το μελετητή πολλούς αιώνες αργότερα δέχεται μετατροπές και χρησιμοποιείται ως κοιμητηριακός ναός, χρήση που διατηρεί ως σήμερα, αφού ακριβώς δίπλα εκτείνεται το σύγχρονο νεκροταφείο της Κω, που περιβάλλει ασφυκτικά το μνημείο. Εξ αιτίας του νεκροταφείου δεν έχουν αποκαλυφθεί λείψανα της Βασιλικής εκτός από τις ψηφίδες που βγαίνουν κατά την εκσκαφή των τάφων και φυσικά χάνονται και το μεγάλο ψηφιδωτό που αποκαλύφθηκε σε παλαιότερη ανασκαφή και τώρα βρίσκεται στο Παλάτι του Μεγάλου Μαγίστρου στη Ρόδο.

Κατά το 12αι. - 13οαι. θεωρείται βέβαιη η χρήση του Βαπτιστηρίου ως κοιμητηριακού ναού από τοιχογραφίες αυτής της περιόδου, ενώ έχουν αποκαλυφθεί και τοιχογραφίες του 14ου αι. Αλλά, τόσο για την εκτέλεση των επεμβάσεων στο μνημείο, που προβλέπει η μελέτη όσο και για την ασφαλή ιστορική- αρχαιολογική τεκμηρίωση χρειάστηκε να προηγηθεί στο μνημείο η Διεύθυνση Συντήρησης Αρχαιοτήτων. Σε αυτό το διάστημα, οι συντηρητές που δούλεψαν αποκάλυψαν νέες τοιχογραφίες που δηλώνουν ότι το Βαπτιστήριο λειτουργήθηκε ως ναός πιθανόν και παλαιότερα και προσθέτουν καινούρια στοιχείο όχι μόνο στην ιστορία, αλλά τελικά και στη βυζαντινή ζωγραφική. Το επόμενο βήμα γι' αυτό το μάλλον παραμελημένο παλαιοχριστιανικό μνημείο είναι η συνεργασία, ώστε οι στερεωτικές επεμβάσεις να συντονιστούν μεθοδολογικά με τις εργασίες για τη διατήρηση των τοιχογραφιών. Σημειώνουμε ότι στο Βαπτιστήριο εμφανίζεται έντονη ρηγμάτωση στην τοιχοποιία, ενώ παρατηρούνται καθιζήσεις, αλλά και μετατόπιση ολόκληρου του μνημείου, εξαιτίας του αργιλώδους εδάφους. Εάν δε λυθούν αυτά δεν μπορεί να αποκατασταθεί η στατική λειτουργία του οικοδομήματος.