Σημαντικές έρευνες στα Κύθηρα και τα Αντικύθηρα, πραγματοποιεί τα τελευταία χρόνια η Β' Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων του ΥΠΠΟ. Οι έρευνες περιλαμβάνουν αρχαιολογικές ανασκαφές σε πολλά σημεία του νησιού, με σημαντικότερες αυτές του Σπηλαίου Χουστή στο Διακόφτη, της περιοχής της Παλαιόπολης και στο νησί της Μικρής Δραγονάρας. Ακόμη περιλαμβάνουν επιτόπιες έρευνες εντοπισμού και καταγραφής αρχαιοτήτων σε όλο το νησί με στόχο τη συμπλήρωση του αρχαιολογικού και ιστορικού χάρτη των Κυθήρων.