Ευνοϊκή ήταν η κλήρωση για τον πρώτο γύρο του Κυπέλλου UEFA για τους τρεις από τους τέσσερις εκπροσώπους της Ελλάδας στη διοργάνωση. Σχέδια για τους ομίλους μπορεί να κάνει από τώρα ο Παναθηναϊκός, που θα αντιμετωπίσει τη Μέταλουργκ Ζαπορίζια από την Ουκρανία, με τον πρώτο αγώνα να διεξάγεται στο ΟΑΚΑ. Τη Βίσλα Κρακοβίας θα βρει στο δρόμο του ο Ηρακλής, με το πρώτο ματς να γίνεται στην Πολωνία, ενώ η Ξάνθη τίθεται αντιμέτωπη με τη Ντινάμο Βουκουρεστίου, υποδεχόμενη πρώτα τους Ρουμάνους στα «Πηγάδια». Ατυχος της παρέας ο Ατρόμητος που θα αντιμετωπίσει την κάτοχο του τροπαίου Σεβίλλη, με τον πρώτο αγώνα στη Ριζούπολη. Στις 14 Σεπτέμβρη οι πρώτοι αγώνες και στις 28 οι επαναληπτικοί. Τα ζευγάρια που ανέδειξε η κλήρωση του Κυπέλλου UEFA: Τσερνομόρετς (Ουκρανία)-Χάποελ Τελ Αβίβ (Ισραήλ), Μπράγκα (Πορτογαλία)-Κιέβο Βερόνα (Ιταλία), Λεβάντια Ταλίν (Εσθονία)-Νιούκαστλ (Αγγλία), Μόλντε (Νορβηγία)-Ρέιντζερς (Σκοτία), Σταντάρ Λιέγης (Βέλγιο)-Θέλτα Βίγκο (Ισπανία), Μακάμπι Χάιφα (Ισραήλ)-Λίτεξ Λόβετς (Βουλγαρία), Ντέρι Σίτι (Ιρλανδία)-Παρί Σεν Ζερμέν (Γαλλία), Χέρτα Βερολίνου (Γερμανία)-Οντένσε (Δανία), Λέγκια Βαρσοβίας (Πολωνία)-Αούστρια Βιέννης (Αυστρία), Παναθηναϊκός (Ελλάδα)-Μέταλουργκ Ζαπορίζια (Ουκρανία), Λοκομοτίβ Μόσχας (Ρωσία)-Ζούλτε Βάρεγκεμ (Βέλγιο), Σπάρτα Πράγας (Τσεχία)- Χαρτς (Σκοτία), Φενέρμπαχτσε (Τουρκία)-Ράντερς (Δανία), Σάλτσμπουργκ (Αυστρία)-Μπλάκμπερν (Αγγλία), Σάλκε (Γερμανία)-Νανσί (Γαλλία), Εθνικός Αχνας (Κύπρος)-Λανς (Γαλλία), Σλόβαν Λίμπερετς (Τσεχία)- Ερυθρός Αστέρας (Σερβία), Αλκμάαρ (Ολλανδία)-Καϊσέρισπορ (Τουρκία), Ρούμπιν Καζάν (Ρωσία)-Πάρμα (Ιταλία), Μπρόντμπι (Δανία)-Aϊντραχτ Φρανκφούρτης (Γερμανία), Ατρόμητος (Ελλάδα)-Σεβίλλη (Ισπανία), Μπεσίκτας (Τουρκία)-ΤΣΣΚΑ Σόφιας (Βουλγαρία), Βιτόρια (Πορτογαλία)-Χέρενφεϊν (Ολλανδία), Μαρσέιγ (Γαλλία)-Μλάντα Μπόλεσλαβ (Τσεχία), Ατβινταγκερς (Σουηδία)-Γκρασχόπερς (Ελβετία), Ραπίντ Βουκουρεστίου (Ρουμανία)-Νασιονάλ (Πορτογαλία), Τραμπζονσπόρ (Τουρκία)- Οσασούνα (Ισπανία), Βασιλεία (Ελβετία)-Ραμποτνίτσκι (Σκόπια), Γουέστ Χαμ (Αγγλία)-Παλέρμο (Ιταλία), Φέγενορντ (Ολλανδία)-Λοκομοτίβ Σόφιας (Βουλγαρία), Ρουζεμπέροκ (Σλοβακία)-Κλαμπ Μπριζ (Βέλγιο), Σιόν (Ελβετία)- Λεβερκούζεν (Γερμανία), Παρτιζάν Βελιγραδίου (Σερβία)-Γκρόνιγκεν (Ολλανδία), Skoda Ξάνθη (Ελλάδα)-Ντινάμο Βουκουρεστίου (Ρουμανία), Σλάβια Πράγας (Τσεχία)-Τότεναμ (Αγγλία), Σταρτ (Νορβηγία)-Αγιαξ (Ολλανδία), Αρτμέντια (Σλοβακία)-Εσπανιόλ (Ισπανία), Βίσλα Κρακοβίας (Πολωνία)-Ηρακλής (Ελλάδα), Λιβόρνο (Ιταλία)-Πάσινγκ (Αυστρία,) Ντινάμο Ζάγκρεμπ (Κροατία)-Οσέρ (Γαλλία).

Οι αγώνες στον πρώτο γύρο είναι διπλοί (ο πρώτος 14 Σεπτέμβρη και ο επαναληπτικός 28 του ίδιου μήνα) και η ομάδα που προκρίνεται μπαίνει στους ομίλους του UEFA (οκτώ των πέντε ομάδων) όπου θα δώσει δυο ματς εντός και δυο εκτός έδρας. Οι τρεις πρώτοι κάθε ομίλου προκρίνονται στη φάση των 32, μαζί με τους οκτώ τρίτους των ομίλων του Champions League. Ο τελικός θα γίνει στο «Χάμπτεν Παρκ» της Γλασκόβης.