Με προβλήματα ολοκληρώθηκε σε όλη τη χώρα η εκλογική διαδικασία. Σύμφωνα με όσα ανακοινώθηκαν από το υπουργείο Εσωτερικών:

Στην Κερατέα έγινε απόπειρα παρεμπόδισης των ψηφοφόρων να εκτελέσουν το εκλογικό τους καθήκον ως ένδειξη διαμαρτυρίας για τη χωματερή (βλέπε ρεπορτάζ στη σελίδα 21). Επίσης, στην Ελάτη Φθιώτιδας υπήρξε καταγγελία για διπλοψηφία, την οποία - πάλι κατά τον υπουργό - εξετάζει ο εκεί έφορος. Στον Πύργο Υπάτης και στο Περιβόλι Φωκίδας οι δικαστικοί αντιπρόσωποι άργησαν να ξυπνήσουν, ενώ στο 291ο εκλογικό τμήμα Σκιάθου ο δικαστικός αντιπρόσωπος έκλεισε το εκλογικό τμήμα από τις 2 έως τις 4 το μεσημέρι. Ακόμη, στο χωριό Αετός Φλώρινας δεν προσήλθε κανένας κάτοικος να ψηφίσει ως ένδειξη διαμαρτυρίας για το ορυχείο της ΔΕΗ.

Στην Αττική, σε τρία εκλογικά τμήματα στο Νέο Κόσμο (935ο, 936ο και 937ο) οι δικαστικοί αντιπρόσωποι πήραν από το δήμο λάθος κλειδιά, με αποτέλεσμα η εκλογική διαδικασία να ξεκινήσει με καθυστέρηση. Στην Ηλιούπολη, σε τέσσερα εκλογικά τμήματα, δεν παρουσιάστηκαν τα μέλη της εφορευτικής επιτροπής. Επίσης, ο δικαστικός αντιπρόσωπος του 155ου εκλογικού τμήματος στα Πατήσια έπεσε θύμα ληστείας νωρίς το πρωί της Κυριακής. Αγνωστος τού άρπαξε όλα τα προσωπικά του αντικείμενα, μαζί με τα κλειδιά της κάλπης, την οποία άνοιξε τελικώς η αστυνομία. Στο Χολαργό στο 2.664ο εκλογικό τμήμα ο δικαστικός αντιπρόσωπος έχασε τη σφραγίδα του και του έφεραν από το Πρωτοδικείο άλλη. Στο Ιλιον στο 1.222ο εκλογικό τμήμα εκλογέας συνελήφθη και κρατείται από την αστυνομία γιατί παρεμπόδιζε την ψηφοφορία με το αιτιολογικό ότι η δικαστική αντιπρόσωπος κάπνιζε. Συνέχισε, μάλιστα, να προκαλεί πρόβλημα, παρά το γεγονός ότι η δικαστική αντιπρόσωπος έσβησε το τσιγάρο και ζήτησε συγνώμη, με αποτέλεσμα να υπάρξει επέμβαση της αστυνομίας.

Αναφορικά με την ψηφοφορία των Ελλήνων του εξωτερικού, ο υπουργός Εσωτερικών, Πρ. Παυλόπουλος, ανακοίνωσε ότι στα 97 εκλογικά τμήματα που λειτουργούν στο εξωτερικό, το Σάββατο ψήφισαν 25.844 Ελληνες του εξωτερικού από τους 36.449 που ήταν εγγεγραμμένοι. Η συμμετοχή ανήλθε στο 70,33%. Στις προηγούμενες ευρωεκλογές, του 2004, η συμμετοχή είχε φτάσει στο 74,88%.