Αναλυτικότερα η διαδικασία που προβλέπεται είναι η εξής:

• Ο ιδιοκτήτης απευθύνεται σε μηχανικό για τον έλεγχο κατ' αρχάς της κατασκευής του. Εφόσον αποφασίσει την ένταξη του ακινήτου του στη ρύθμιση ο μηχανικός αναλαμβάνει τη διεκπεραίωση της αίτησης καθώς ο αριθμός μητρώου μηχανικού του ΤΕΕ είναι απαραίτητη προϋπόθεση για την πρόσβαση στο ηλεκτρονικό σύστημα. Ο μηχανικός κάνει αυτοψία, αναλαμβάνει τη συλλογή των στοιχείων που απαιτούνται για την συμπλήρωση της αίτησης υπαγωγής στη ρύθμιση και υπολογίζει το «προσωρινό πρόστιμο».
• Συμπληρώνει και υποβάλλει ηλεκτρονικά την αίτηση και το σύστημα εκδίδει έναν «μοναδικό αριθμό» για το αυθαίρετο, εντολή για πληρωμή του παράβολου, καθώς και το ύψος των πληρωμών σε σχέση με τον αριθμό των δόσεων που θα επιλεγεί.
• Το τέλος καταβάλλεται από τον ιδιοκτήτη (και ηλεκτρονικά μέσω web banking) σε Τράπεζα. Η πληρωμή πιστοποιείται αυτόματα στο σύστημα εντός 24 ωρών και ενεργοποιείται η διαδικασία ένταξης. Ακολουθούν οι πληρωμές των δόσεων για τις οποίες ενημερώνεται αυτόματα το σύστημα, με την πρώτη από αυτές να καταβάλλεται εντός του έτους.
• Συγκεντρώνονται ή συντάσσονται τα απαιτούμενα σχέδια και άλλα στοιχεία (εντός τετραμήνου από την καταχώριση της αίτησης) και βάσει αυτών γίνεται ο υπολογισμός του «τελικού προστίμου» και ο επαναπροσδιορισμός του ποσού των δόσεων από το σύστημα.
• Ο μηχανικός υποβάλλει στο σύστημα το σύνολο των απαιτούμενων στοιχείων και σχεδίων. Με τη διαπίστωση της πληρότητας αυτών, εκδίδεται αυτόματα «ΒΕΒΑΙΩΣΗ ΡΥΘΜΙΣΗΣ ΑΥΘΑΙΡΕΤΟΥ». Η βεβαίωση είναι απαραίτητη για τη μεταβίβαση του αυθαιρέτου.