Συγκεκριμένα, θα αποδοθεί στους επισκέπτες ο όροφος του Μουσείου με τη μόνιμη συλλογή των αρχαιοτήτων των γεωμετρικών, αρχαϊκών, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων από διάφορα μέρη της Κρήτης. Στην έκθεση περιλαμβάνονται σημαντικά έργα τέχνης που απεικονίζουν και αποτυπώνουν μορφές και όψεις από την επίσημη και ιδιωτική ζωή, τους θεσμούς, τη λατρεία και τις ταφικές πρακτικές από τη δωρική κοινωνία των πρώιμων ιστορικών χρόνων μέχρι τον πολιτισμικά σύνθετο ελληνορωμαϊκό κόσμο της ύστερης αρχαιότητας. Εκτίθενται επίσης επιλεγμένα αντικείμενα από τις πρώην ιδιωτικές συλλογές Γιαμαλάκη και Ν. Μεταξά από την Κρήτη, αλλά και την υπόλοιπη Ελλάδα και την Ανατολή που χρονολογούνται από τα μινωικά έως τα νεότερα χρόνια.

Με το άνοιγμα του ορόφου θα κλείσει για το κοινό η «προσωρινή έκθεση» του Μουσείου και «τα πιο σημαντικά και εμβληματικά εκθέματα των μινωικών χρόνων», σύμφωνα με το υπουργείο Πολιτισμού, «θα εκτεθούν προσωρινά (σ.σ. πάλι...) σε αίθουσα του ορόφου».

Το πολύπαθο μουσείο παρέμενε κλειστό από το 2006, λόγω ανακαίνισης, αλλά θα μπορούσε να ήταν ανοιχτό νωρίτερα, αν δεν αδιαφορούσαν οι αστικές κυβερνήσεις.