Στο πνεύμα των αλλαγών στην τεχνικοεπαγγελματική εκπαίδευση διαμορφώνονται και οι αντίστοιχες δομές της δευτεροβάθμιας ειδικής επαγγελματικής εκπαίδευσης με τις διατάξεις του νομοσχεδίου. Σύμφωνα με αυτό, η ειδική επαγγελματική εκπαίδευση παρέχεται στα:
-- Ειδικά Επαγγελματικά Γυμνάσια (ΕΕΓ), στα οποία εγγράφονται απόφοιτοι δημοτικού σχολείου, στα οποία η φοίτηση διαρκεί πέντε έτη. Στο τέλος της Δ' τάξης χορηγείται Απολυτήριο Γυμνασίου και στην Ε' τάξη, πτυχίο με Επαγγελματικά δικαιώματα επιπέδου 2. Στην Ε' τάξη θεσμοθετείται η πρακτική άσκηση, με την υποστήριξη των «σχολικών συνεταιρισμών», με στόχο τον εμπλουτισμό των δεξιοτήτων των μαθητών και την απόκτηση επαγγελματικής εμπειρίας. Οταν ο μαθητής ολοκληρώσει τη φοίτησή του, εγγράφεται στη Β' τάξη του Ειδικού Επαγγελματικό Λυκείου στην αντίστοιχη Ειδικότητα. Σε περίπτωση που ο μαθητής επιθυμεί να φοιτήσει σε διαφορετική ειδικότητα, ενώ έχει ολοκληρώσει τη φοίτησή του στο Ειδικό Επαγγελματικό Γυμνάσιο, θα εγγραφεί στην Α' τάξη του Ειδικού Επαγγελματικού Λυκείου.
-- Ειδικά Επαγγελματικά Λύκεια (ΕΕΛ), στα οποία εγγράφονται απόφοιτοι Γυμνασίου. Η φοίτηση διαρκεί τέσσερα έτη κατ' αντιστοιχία με το Εσπερινό Επαγγελματικό Λύκειο. Στα ΕΕΛ χορηγείται στους αποφοίτους τίτλος απολυτηρίου Λυκείου και πτυχίο με επαγγελματικά δικαιώματα επιπέδου 3.
-- Εργαστήρια Ειδικής Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Κατάρτισης (ΕΕΕΕΚ), στα οποία η φοίτηση διαρκεί 6 χρόνια. Σε αυτά εγγράφονται απόφοιτοι δημοτικών σχολείων γενικής ή ειδικής εκπαίδευσης και είναι ισότιμα με τα Ειδικά Επαγγελματικά Γυμνάσια. Στην τελευταία τάξη των ΕΕΕΕΚ θεσμοθετείται πρακτική άσκηση διάρκειας 2 τουλάχιστον τριμήνων, σε πραγματικές συνθήκες εργασίας και σε συνάφεια με την κύρια ειδικότητα του μαθητή. Το ωρολόγιο πρόγραμμα της Στ' τάξης συμπληρώνεται από μαθήματα των προηγούμενων τάξεων.
Αναφορικά με την Ειδική Αγωγή, στο νομοσχέδιο προβλέπονται επίσης τα εξής: