Με την υπ' αριθμ. 26/2014 απόφαση, η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας ακύρωσε τις υπουργικές αποφάσεις με τις οποίες εγκρίθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι για τη μερική εκτροπή του άνω ρου του Αχελώου, και συγκεκριμένα η εκτέλεση έργων για το υδροηλεκτρικό έργο Μεσοχώρας, το Υδροηλεκτρικό έργο της Συκιάς και της σήραγγα μεταφοράς νερού στο Πευκόφυτο. Σύμφωνα με την απόφαση του ΣτΕ, επιβάλλεται πλέον επανεξέταση των όρων συνέχισης των έργων, μετά από συμπληρωματικές περιβαλλοντικές μελέτες.

Το ΣτΕ έκανε δεκτές τις αιτήσεις που κατέθεσαν το 2007 η «WWF Ελλάς», η «Ελληνική Εταιρεία για την Προστασία του Περιβάλλοντος και της Πολιτιστικής Κληρονομιάς», η Ενωση Δήμων και Κοινοτήτων νομού Αιτωλοακαρνανίας, καθώς και οι δήμοι Μεσολογγίου, Αιτωλικού και Ινάχου. Σύμφωνα με το σκεπτικό του ΣτΕ, η ακύρωση των συγκεκριμένων έργων στην εκτροπή του Αχελώου είναι επιβεβλημένη επειδή:

• Με τον τρόπο που έγινε η εκτροπή του Αχελώου, παραβιάζεται η Διεθνής Σύμβαση της Γρανάδας για την προστασία της αρχιτεκτονικής κληρονομιάς της Ευρώπης, η οποία συμπλέει με το άρθρο 24 του Συντάγματος.
• Τα έργα εκτροπής του Αχελώου είναι αντίθετα στη αρχή της βιώσιμης ανάπτυξης, επειδή επέρχεται εκτεταμένη περιβαλλοντική βλάβη σε περιοχή που περιλαμβάνεται στο δίκτυο Natura 2000.

Οι πολέμιοι του έργου έχουν προσφύγει πολλές φορές στο ΣτΕ, με αρχή το 1991. Σχετικές αποφάσεις έχουν εκδοθεί τις χρονιές 1994, 2000, 2005, 2006, 2009, 2010 και 2011. Τον Οκτώβρη του 2009, στάλθηκαν από την Ολομέλεια του ΣτΕ 14 ερωτήματα στο Δικαστήριο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων (μετέπειτα Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ενωσης) τα οποία απαντήθηκαν τον Σεπτέμβρη του 2012, επηρεάζοντας καταλυτικά την απόφαση που δημοσιοποιήθηκε τις πρώτες μέρες του 2014.

Η υλοποίηση των σχεδίων για την εκτροπή του Ανω ρου του Αχελώου ξεκίνησε πριν από 30 χρόνια. Με πολλές καθυστερήσεις, εμπόδια και παλινωδίες, σήμερα απομένουν να γίνουν ελάχιστα έργα, ύψους μόλις 60 εκ. ευρώ. Μεταξύ άλλων, στόχος του έργου είναι να μεταφερθούν νερά για την άρδευση των περίπου 550.000 στρεμμάτων καλλιεργήσιμης γης στο θεσσαλικό κάμπο.

Αν δε φτάσουν αυτά τα νερά, ο κάμπος και η Θεσσαλία κινδυνεύουν τα επόμενα χρόνια με ερημοποίηση, με ανυπολόγιστες περιβαλλοντικές επιπτώσεις στον υπόγειο υδροφόρο ορίζοντα της περιοχής, στις καλλιέργειες αλλά και στον κίνδυνο που υπάρχει τα αμέσως επόμενα χρόνια να λείψει και αυτό ακόμη το νερό ύδρευσης από πόλεις και χωριά της περιοχής.

Η μεταφορά του νερού προβλέπεται να γίνεται μόνο τους τρεις θερινούς μήνες (τους υπόλοιπους εννιά, τα έργα θα λειτουργούν ως αμιγώς ενεργειακά). Την περίοδο αυτή, προβλέπεται να ρέουν στο θεσσαλικό κάμπο περίπου 250 εκατ. κ.μ. νερού (από 600 εκ. κ.μ. που προβλέπονταν αρχικά). Προβλέπεται ακόμα ότι η ποσότητα μεταφοράς θα αναθεωρείται κάθε φορά ανάλογα με τις εκάστοτε συνθήκες και ανάγκες σε νερό.

Το ΚΚΕ έχει καταγγείλει πολλές φορές ότι πίσω από τον πόλεμο που έχουν κηρύξει ο ΣΥΡΙΖΑ και διάφορες περιβαλλοντικές ΜΚΟ στην εκτροπή του Αχελώου, κρύβεται κατά βάση η αντιαγροτική ΚΑΠ της ΕΕ, που θέλει να επιταχύνει τη συγκεντροποίηση στον αγροτικό τομέα, πετώντας εκτός παραγωγής χιλιάδες αγρότες με μικρότερο κλήρο στο θεσσαλικό κάμπο, που, χωρίς νερό, δυσκολεύονται να συνεχίσουν να καλλιεργούν. Επίσης, τα περί βιώσιμης ανάπτυξης που επικαλείται το ΣτΕ, υποκρύπτει και κόντρα με όσους επιδιώκουν την ανάπτυξη του λεγόμενου αγροτουρισμού στις περιοχές απ' όπου εκτρέπεται ο ρους του Αχελώου.