Δεν της έφταναν τα προβλήματα με το νέο αθλητικό νόμο της ΕΠΟ, αλλά και οι κατηγορίες για εμπλοκή μελών της σε κακουργηματικές πράξεις, σύμφωνα με τις πρόσφατες εισαγγελικές ανακοινώσεις, ήρθαν και έδεσαν με τα εσωτερικά προβλήματα. Συγκεκριμένα η ΕΠΣ Θεσαλίας αποφάσισε να προσφύγει στη Δικαιοσύνη, ζητώντας την έκπτωση των μελών του ΔΣ της ΕΠΟ που κατηγορούνται βάσει του πορίσματος του εισαγγελέα Αρ. Κορέα για τη δράση τους στο ποδόσφαιρο. Οπως ανακοινώθηκε, η απόφαση πάρθηκε σε σχετικό με το θέμα ΔΣ που έγινε και με ψήφους 8 - 3.