Παρά το γεγονός ότι παραδόθηκε σε λειτουργία μόλις πριν από δύο χρόνια, το Δημοτικό Σχολείο Καλών Νερών Μαγνησίας, κάθε φορά που βρέχει, πλημμυρίζει. Μάλιστα, η εικόνα που παρουσίαζε μετά τις τελευταίες έντονες βροχοπτώσεις ήταν απελπιστική. Το νερό έφτασε σε ύψος 1,5 μέτρου στο υπόγειο του σχολείου, ενώ οι ζημιές στο κεντρικό σύστημα θέρμανσης, στον ανελκυστήρα και άλλα αντικείμενα είναι μεγάλες. Ακόμη, η διαρκής έκθεση των θεμελίων του κτιρίου στο νερό και την υγρασία προκαλεί τη διάβρωσή τους, που σημαίνει ότι μπορεί να υπάρξει πρόβλημα με τη στατικότητα του σχολείου. Εξάλλου, σε πολλά σημεία παρατηρούνται ρωγμές από καθιζήσεις του εδάφους.

Σε δηλώσεις τους στελέχη του δήμου Νοτίου Πηλίου αποδίδουν το πρόβλημα έλλειψης στεγανότητας του υπογείου του σχολείου σε κακοτεχνίες και σε λάθη της μελέτης κατασκευής του έργου, τα οποία είχαν επισημανθεί και για τα οποία ζητήθηκαν αλλαγές, που η εποπτεύουσα αρχή δεν αποδέχτηκε. Επίσης, έχει κατατεθεί και μήνυση στο Αστυνομικό Τμήμα Μηλεών κατά παντός υπευθύνου για την τραγική κατάσταση που επικρατεί στο σχολείο. Επερώτηση για το θέμα κατέθεσε η «Λαϊκή Συσπείρωση» Θεσσαλίας στο Περιφερειακό Συμβούλιο.