Δυστυχώς, η δεκαετία του '90 χαρακτηρίστηκε από την προσπάθεια διάλυσης και χειραγώγησης του φοιτητικού κινήματος, που στο επίπεδο της ΕΦΕΕ εκφράστηκε με μια αντίστοιχη προσπάθεια να περάσει στην ανυπαρξία. Ετσι, από το 1996, το ΚΣ της ΕΦΕΕ χαρακτηρίζεται «απερχόμενο», αφού το τελευταίο Πανσπουδαστικό Συνέδριο που πραγματοποιήθηκε κανονικά ήταν το 1995.

Σ' αυτήν τη διαδικασία αποδυνάμωσης της ΕΦΕΕ, που στόχο είχε το χτύπημα του φοιτητικού κινήματος συνολικά και την αποδυνάμωση του πολιτικού του ρόλου, οι παρατάξεις ΔΑΠ και ΠΑΣΠ έπαιξαν πρωταγωνιστικό ρόλο. Τα ΕΑΑΚ λειτούργησαν σε πολλές περιπτώσεις ως στήριγμα της ΠΑΣΠ, δίνοντάς της πολιτική κάλυψη, ενώ στο ίδιο μήκος κύματος κινήθηκαν κι άλλες μικρότερες παρατάξεις.

Τα παραπάνω αποδεικνύονται με μια σύντομη ανασκόπηση στις προσπάθειες πραγματοποίησης Πανσπουδαστικού Συνεδρίου της ΕΦΕΕ την προηγούμενη δεκαετία. Το 1992, η ΠΑΣΠ και τα ΕΑΑΚ δεν εμφανίστηκαν καν και δεν έγινε συνέδριο. Την επόμενη χρονιά, το συνέδριο πραγματοποιήθηκε παρά την αποχώρηση της ΔΑΠ, της οποίας οι έδρες παρέμειναν αδιάθετες. Το επόμενο συνέδριο, το 1995, ήταν το τελευταίο που πραγματοποιήθηκε κανονικά κι από κει και πέρα:

1997: Πάρθηκε μια απόφαση στο ΚΣ της ΕΦΕΕ (που στήριξαν όλες οι παρατάξεις πλην της ΠΚΣ) και έδινε το δικαίωμα «βέτο» σε κάθε παράταξη, κατά την προπαρασκευαστική διαδικασία του Συνεδρίου (όταν μοιράζονταν οι κάρτες αντιπροσώπων). Η ΔΑΠ κι η ΠΑΣΠ ανεπίσημα παραδέχονταν ότι δε θέλουν Πανσπουδαστικό Συνέδριο και δεν εμφανίστηκαν στο χώρο όπου μοιράζονταν οι κάρτες, ενώ επίσημα δήλωναν ότι οι σύνεδροί τους βρίσκονταν στην επαρχία και θα έρχονταν με την έναρξη του Συνεδρίου. Τελικά, το Συνέδριο δεν πραγματοποιήθηκε και τυπικά θεωρήθηκαν υπεύθυνες οι παρατάξεις ΕΑΑΚ και «Νέοι Ορίζοντες», που παρακώλυαν τη διαδικασία με αλλεπάλληλες ενστάσεις. Μετά τη διάλυσή του, τα ΕΑΑΚ πανηγύριζαν ότι δεν υπάρχει πια ΕΦΕΕ και το ρόλο της θα αναλάβουν τα «Συντονιστικά».

1998: Για άλλη μια φορά, ΔΑΠ και ΠΑΣΠ δεν «πάτησαν» σε καμιά διαδικασία της τεχνικής γραμματείας του Συνεδρίου, δηλώνοντας ότι θέλουν το Συνέδριο να είναι καταστατικό, παρόλο που το ΚΣ της ΕΦΕΕ δεν πήρε τέτοια απόφαση.

1999: ΔΑΠ και ΠΑΣΠ πήραν στο ΚΣ της ΕΦΕΕ - για τα μάτια του κόσμου - μια απόφαση για πραγματοποίηση Πανσπουδαστικού Συνεδρίου, χωρίς να ορίζουν πότε και πού θα γίνει. Ετσι, πάλι δεν πραγματοποιήθηκε Συνέδριο. Οσο για το 2000, το «απερχόμενο» ΚΣ της ΕΦΕΕ πήρε και πάλι απόφαση για Συνέδριο, αλλά έμεινε στον αέρα...