Τη δημοσιότητα βλέπουν καταγγελίες όπως αυτή πρώην τροφίμου, 20 ετών σήμερα, η οποία αναφέρει ότι όταν ήταν 17 ετών και φιλοξενούνταν σε μία από τις δομές της «Κιβωτού» έμεινε έγκυος και αποφάσισε να κάνει άμβλωση. «Μου έλεγαν πως αν ρίξω το παιδί, μόλις γίνω 18 θα με διώξουν. Και αυτό έκαναν... Το πάλεψα μόνη μου», αποκαλύπτει.
Παράλληλα, καταγγελίες για σωματική και λεκτική κακοποίηση τροφίμων των δομών έρχονται και από εργαζόμενους. Μάλιστα, πρώην εργαζόμενη στη δομή της Ηπείρου το 2015, πριν καταφύγει στις αστυνομικές αρχές και τον δήμο Ιωαννίνων, επιχείρησε να έρθει σε επικοινωνία με τον πατέρα Αντώνιο, χωρίς εκείνος να ανταποκριθεί. Τότε η γυναίκα προφασίστηκε ότι είναι δωρήτρια και έτσι κατάφερε να έρθει σε επικοινωνία μαζί του. Οταν του μετέφερε όσα φριχτά βίωσε στη δομή της Πωγωνιανής, εκείνος την κατηγόρησε ότι ψεύδεται. Η αστυνομία είχε κάνει έρευνα μετά την καταγγελία, πήραν καταθέσεις τόσο από τους εργαζόμενους όσο και από τα παιδιά, όταν όμως η υπόθεση έφτασε στην Εισαγγελία «πάγωσε».
Γεννά λοιπόν ερωτήματα το γεγονός πως παρότι υπήρχαν αυτές οι καταγγελίες από το 2015 και υπήρξαν και νέες τα επόμενα χρόνια, η «Κιβωτός» συνέχισε να λαμβάνει χρηματοδοτήσεις από εθνικά και κοινοτικά κονδύλια, καθώς και μια σειρά από δωρεές, ενώ η υπερπροβολή από Μέσα Μαζικής Ενημέρωσης συνεχιζόταν κανονικά, και μάλιστα η δομή και τα στελέχη της χαρακτηρίζονταν πρότυπα για την κοινωνία...