Το ζήτημα του Νέου Μουσείου της Ακρόπολης απασχολεί ιδιαίτερα και το Τεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδας, δεδομένου ότι επί πολλά χρόνια βρίσκεται στο επίκεντρο ενός έντονου προβληματισμού και αντιπαράθεσης, με τη συμμετοχή σημαντικών φορέων, όπως και σημαντικών παραγόντων και προσωπικοτήτων του τεχνικού κόσμου. Το ΤΕΕ με ανακοίνωσή του εκφράζει τις ανησυχίες του για το κατά πόσον «τηρείται η νομιμότητα και αν γίνονται σεβαστές οι αποφάσεις του Ανώτατου Ακυρωτικού Δικαστηρίου, οι οποίες βέβαια σύμφωνα με Σύνταγμα και νόμους είναι υποχρεωτικές για τη διοίκηση». Κι αυτή η ανησυχία εκφράζεται γιατί ενώ το Συμβούλιο της Επικρατείας (16/7/2003) εξέδωσε απόφαση αναστολής των σχετικών εργασιών, «το τελευταίο διάστημα με ενέργειες, οι οποίες προέρχονται από υπηρεσίες και εντεταλμένα όργανα, που υπάγονται στην ευθύνη των Υπουργείων Πολιτισμού και Δημόσιας Τάξης, παρατηρούνται συντονισμένες προσπάθειες, με σκοπό την επιτάχυνση των εργασιών ανέγερσης του Νέου Μουσείου Ακρόπολης, στο χώρο του Μακρυγιάννη».

Επίσης, το ΤΕΕ εκφράζει την ανησυχία του, «για το περιστατικό σύλληψης (στις 22/7/2003) δύο πολιτών εξαιτίας της συμμετοχής τους στις κινητοποιήσεις κατά των ακολουθούμενων διαδικασιών ανέγερσης του Νέου Μουσείου, ενώ η παραπομπή τους στο Δικαστήριο έγινε με την κατηγορία της "διατάραξης της οικογενειακής γαλήνης". Πρόκειται για τον Σπύρο Καλογερόπουλο και την σύζυγό του Ελένη Γκίκα. Η σύλληψη του πρώτου έγινε παρουσία του αν. Γενικού Γραμματέα της Αντιπροσωπείας του ΤΕΕ, Αντώνη Μαούνη». Το ΤΕΕ εκφράζει, τέλος, το ερώτημα αν «υπάρχει μεθόδευση ποινικοποίησης μιας προδήλως πολιτικής δραστηριότητας ενεργών πολιτών».